Fikosianin merupakan sumber pewarna biru alami yang dapat diekstrak dari Spirulina sp. Karakteristik dari fikosianin adalah tidak stabil oleh cahaya, suhu, dan pH selama proses pengolahan dan penyimpanan. Metode mikroenkapsulasi dapat digunakan untuk melindungi fikosianin dari pengaruh eksternal di mana jenis dan konsentrasi enkapsulan yang digunakan dapat mempengaruhi karakteristik mikrokapsul fikosianin yang dihasilkan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui formulasi terbaik dan karakterisasi mikrokapsul fikosianin dari Spirulina sp. dengan maltodekstrin dan alginat sebagai enkapsulan. Mikrokapsul diproduksi dengan lima perbedaan konsentrasi alginat dalam maltodekstrin, yaitu 0 %; 0,2 %; 0,4 %; 0,6 %; dan 0,8 % (b/b). Total enkapsulan yang digunakan adalah 10 % dari larutan mikropartikel fikosianin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa peningkatan konsentrasi alginat dapat meningkatkan kadar fikosianin, kadar air, efisiensi enkapsulasi, bulk density, intensitas warna biru, dan ukuran partikel serta dapat memperbaiki morfologi mikrokapsul yang dihasilkan. Mikrokapsul fikosianin dengan konsentrasi alginat 0,6 % dan maltodekstrin 9,4 % memiliki kadar fikosianin, efisiensi enkapsulasi, dan intensitas warna biru paling tinggi.