Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal JURNAL KIMIA SAINS DAN APLIKASI Jurnal Pengajaran Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
A. Saifuddin Noer
Jurusan Pen.Kimia
Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Engineering Mathematics

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

 1 
VARIAN NON-DELESI 9 PASANG BASA DNA MITOKONDRIA MANUSIA SAMPEL FORENSIK BALI Gumilar, Gun Gun; Noer, A. Saifuddin
Jurnal Pengajaran Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Vol 6, No 1 (2005): Jurnal Pengajaran MIPA
Publisher : Faculty of Mathematics and Science Education, Universitas Pendidikan Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.18269/jpmipa.v6i1.373

Abstract

One of human mitochondrial DNA (mtDNA) variant is a 9 base pairs (bp) deletion in the COII/tRNALys intergenic region. In construction mtDNA nomenclature, 9-bp deletion database consist of primary and secondary data is needed, including Bali bombing forensic samples. Here we report a 9-bp non- deletion mtDNA variant from Bali bombing forensic samples to complete primary data. Polymerase Chain Reaction (PCR) technique with 2 set primer was used to detect 9-bp deletion. The PCR result was detected by agarose gel electrophoresis, which showed two bands (0.1 and 0.4 kb) for non-deletion variant control, and one band (0.4 kb) for deletion variant control. If the sample has 9-bp deletion, only one of the primer pairs could amplify a fragment of 0.4 kb. If the sample does not have 9-bp deletion, the other primer pair will amplify a 0.1 kb product. The result showed that none of the 24 samples has 9-bp deletion. These results are contributed to the human mtDNA database and nomenclature construction. Keywords: mtDNA, 9-bp deletion, PCR
Optimasi Konsentrasi MgCl2 dan Suhu Annealing pada Proses Amplifikasi Multifragmens mtDNA dengan Metoda PCR Asy’ari, Mukhammad; Noer, A. Saifuddin
Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi Vol 8, No 1 (2005): Volume 8 Issue 1 Year 2005
Publisher : Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (477.105 KB) | DOI: 10.14710/jksa.8.1.23-27

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode amplifikasi Deoxyribonucleic acid (DNA) secara invitro. Hingga saat ini para peneliti baru berhasil mengamplifikasi secara in vitro DNA mitokondria (mtDNA)manusia Indonesia sampai ukuran fragmen maksimal 1,6 kilobasa (kb) dan belum dilakukan untuk “banyakfragmen” (multifragments). Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi multifragments DNA mitokondriamanusia Indonesia berukuran 5,4 kb; 4,2 kb; 3,5 kb; 2,1 kb; 1,6 kb dengan metode PCR standar melalui optimasikonsentrasi MgCl2 dan suhu annealing. Proses berlangsung dalam satu reaksi PCR menggunakan enzim taqpolimerase, lima primer yaitu dmt-2L, dmt-1H, FL, FH dan MH pada kondisi bufer standar dengan konsentrasiMgCl2 2,5 mM, selama 30 siklus pada suhu denaturasi 94oC (15 detik), annealing 65oC (30 detik) danextension 72oC (180 detik). Keberhasilan metode amplifikasi in vitro multifragments yang mengandung fragmenpanjang tersebut diharapkan bisa membuat proses amplifikasi beberapa gen dalam satu genom menjadi lebihcepat dan efisien.
Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik Asy’ari, Mukhammad; Noer, A. Saifuddin
Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi Vol 9, No 2 (2006): Volume 9 Issue 2 Year 2006
Publisher : Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (527.478 KB) | DOI: 10.14710/jksa.9.2.25-29

Abstract

Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.
Co-Authors Gun Gun Gumilar Mukhammad Asy'ari