This study used multiscale classification and applied object-based image analysis (OBIA) for geomorphic zone and benthic habitats mapping in Pari islands. An optimized segmentation was performed to get optimum classification result. Classification methods for level 1 and 2 used contextual editing classification and for level 3 used support vector machines classifier. The results showed that overall accuracy for level 1 was 97% (reef level), level 2 was 87% (geomorphic zone), and level 3 was 75% (benthic habitats). Accuracy achieved by support vector machines classification was performed only in level 3 and optimum scale value achieved was 50 in compare with other scale values, i.e. 5, 25, 50, 75, 95. OBIA methods can be used as an alternative for geomorphic zone and benthic habitats map. Abstrak Penelitian ini menggunakan klasifikasi multiskala dan penerapan analisis citra berbasis obyek (OBIA) untuk pemetaan zona geomorfologi dan habitat bentik di Pulau Pari. Analisis berbasis obyek dilakukan optimasi pada proses segmentasi untuk mendapatkan hasil klasifikasi optimal. Metode klasifikasi pada level 1 dan 2 menggunakan klasifikasi contextual editing dan pada level 3 menggunakan klasifikasi Support Vector Machines (SVM). Hasil penelitian ini menunjukkan akurasi keseluruhan pada level 1 yaitu 97% (reef level), level 2 yaitu 87% (Geomorphic level), dan level 3 yaitu 75% (benthic habitat level). Klasifikasi SVM hanya diterapkan pada level 3 dan nilai skala optimum sebesar 50 dari percobaan nilai skala yaitu 5, 25, 50, 75, 95. Metode OBIA dapat digunakan sebagai alternatif untuk pemetaan zona geomorfologi dan habitat bentik.