ABSTRAKBuah naga mempunyai banyak manfaat untuk kesehatan dan manfaatlainnya yang belum banyak diketahui oleh masyarakat sehingga perlu dilakukanpendataan.Penelitian ini bertujuan untuk Menguji keragaman variasi morfologi, danpola pita isozim pada buah naga berdaging super merah, merah, dan putih dariKabupaten Pasuruan, Sukoharjo, Klaten, dan Bantul.Analisis data morfologi tanaman diuaraikan secara deskriptif. Data polapita isozim dianalisis menggunakan program Numerical Taxonomy andMultivariate Analys System versi 2.02i (NTSYS). Data matrik dihitungberdasarkan koofisien DICE. Klusterisasi (pengelompokan) dilakukan denganUPGMA ( Unweighted Pair Group With Arithmatic Mean) yang dihitung melaluiSHAN.Hasil penelitian menunjukkan bahwa Variasi morfologi terjadi pada warnabatang, warna kelopak bunga dan rasa daging buah yang ditunjukkan juga padapola pita isozim ketiga varietas pada keempat lokasi pengamatan. Enzim esterasemengekspresikan 18 pita yang membentuk empat kelompok berdasarkan jarakkemiripan 75%. Pita spesifik muncul pada Rf 0.633 pada varietas buah nagaberdaging merah Bantul dan pada Rf 0.755 dari Pasuruan. Pita spesifik jugadimiliki untuk buah naga putih pada Rf 0.347 dari Bantul serta Klaten pada Rf0.510 dan Rf 0.633. Untuk enzim GOT mengekspresikan 12 pita dan jugamemperlihatkan empat kelompok dengan sedikit berbeda untuk keanggotaannyadikelompok empat. Pita spesifik muncul pada Rf 0.321 pada varietas buah nagaberdaging merah dari Pasuruan. Pita spesifik juga muncul pada buah nagaberdaging putih dari Pasuruan pada Rf 0. 446 dan Rf 0.482. Terjadinya variasipada buah naga yang di uji dan di dukung oleh data isozim walaupun hanya 2macam enzim ini memberikan bukti bahwa data genetik mendukung karaktermorfologi.Kata kunci: Buah naga (Hylocereus sp), Morfologi, Isozim, Vitamin C.