Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Menara Perkebunan
Asmini BUDIANI1
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Ekspresi dan kloning gen penyandi ADP-Glucose Phyrophosphorylase dari tanaman sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Expression and cloning of gene encoding ADP-Glucose Phyrophosphorylase from sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) Asmini BUDIANI1; Riza Arief PUTRANTO; Hayati MINARSIH; Imron RIYADI; . SUMARYONO; Barahima ABBAS
E-Journal Menara Perkebunan Vol 83, No 2: Desember 2015
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (413.009 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v83i2.4

Abstract

AbstractSago palm (Metroxylon sagu Rottb.) is a potential food and energy resources becouse it is the highest starch producing plant.  Breeding of sago palm should be directed to produce elite genotype with superior characters such as high starch content, wider pith diameter, without spine and high starch quality. However, research on sago palm in Indonesia so far is limited espescially in the field of cultivation and breeding, and attempt to produce such elite would take long time. Availability of molecular marker for starch content would be beneficial to shorten the length period of breeding. ADP-Glucose Phyrophosphorylase is one of the important enzymes in starch biosynthesis. Therefore its gene is an interesting subject in order to develope molecular marker of high starch content.  This research was aimed to study the expression of gene encoding AGP in the sago palm with high starch content versus low starch content, and to clone the full cds of the gene. RNA was isolated from leaf and pith of both palms. Exspression analysis and amplify-cation of full cds were conducted by Reverse Transcryptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using specific primers. The results showed that sago palm with higher starch content expressed AGP higher than that of sago palm with lower  starch content. Expression of AGP in the full developing leaf was higher than in the young leaf, and there was no expression detected in the pith. The full cds of AGP was successfully amplified and cloned. Even though the DNA sequence showed high homology with DNA sequence of the same gene that has been deposited in GenBank, there were differences in severall nucleotide including that in the active domain of the enzyme.AbstrakTanaman sagu merupakan sumber pangan dan energi yang sangat potensial untuk dikembangkan karena merupakan tanaman penghasil karbihidrat tertinggi. Pemuliaan tanaman sagu mestinya diarah-kan untuk menghasilkan bibit sagu yang selain memiliki rendemen pati tinggi, juga memiliki diameter empulur besar, tidak berduri dan memiliki cita rasa pati yang enak. Namun, sampai saat ini riset mengenai sagu di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga pemuliaan sagu untuk menghasilkan bibit unggul demikian akan memerlukan waktu lama. Ketersediaan penanda rendemen pati akan sangat membantu mempercepat pemuliaan tanaman tersebut. ADP-Glucose Pyrophosphorylase adalah salah satu enzim yang berperan penting dalam biosintesis pati, sehingga gene penyandinya merupakan subjek yang menarik dalam pengembangan marka kandungan pati tinggi.  Sebagai bagian dari upaya untuk mendapat-kan penanda rendemen pati tinggi pada tanaman sagu, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen penyandi AGP. RNA diisolasi dari daun tanaman sagu rendemen pati rendah dan tanaman sagu rendemen pati tinggi. Perbedaan tingkat ekspresi gen penyandi AGP dari tanaman sagu rendemen pati tinggi vs rendemen pati rendah, dianalisis dengan teknik Reverse-Transcryptase PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman sagu rendemen pati tinggi mengekspresikan AGP lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman sagu rendemen pati rendah. Ekspresi gen tersebut pada daun tua (full developing leaf) lebih tinggi di-bandingkan dengan pada daun muda, dan pada empulur tidak dideteksi ekspresi gen tersebut. Daerah penyandi lengkap AGP subunit kecil telah diklon. Meskipun memiliki homologi yang tinggi dengan sekuen DNA gen yang sama yang telah dideposit pada  GenBank,  namun terdapat perbedaan beberapa nukleotida termasuk pada daerah domain aktif dari enzim tersebut. 
Kloning fragmen gen penyandi β-ketoacyl-ACP synthase II dari dua tipe kelapa sawit dengan kandungan asam oleat yang berbeda Cloning of gene fragment encoding β-ketoacyl-ACP synthase II from two types of oil palm with different oleic acid content Asmini BUDIANI1; Abdul Razak PURBA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 1: Juni 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (406.799 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i1.73

Abstract

AbstractIn addition to increase productivity, oil palm breeding is also aimed to increase oil quality, one of which is oleic acid content. Conventionally, the increase of oleic acid is carried out by crossing between Elaeis guineensis which is high in oilcontent and Elaeis oleifera which contain high oleic acid. Genetic engineering to increase oleic acid might be done by over expressing gene encoding β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII) in the mesocarp of oil palm. As a preliminary workof genetic engineering to increase oleic acid content, this research was aimed to clone DNA fragment of gene encoding KASII by using RT-PCR. Total RNA were isolated from the mesocarp of two different types of oil palms, namelySimalungun (E. guineensis) and Hibrida (E. guineensi x E. oleifera), and used for synthesis of first strand cDNA. Amplification of KASII DNA fragments was carried out using first strand cDNA as a template with specific primers. TheRT-PCR product was verified by electrophoresis on agarose gel, isolated and purified from the gel, sequenced and then cloned into E. coli using pGEM-T Easy cloning vector. Analysis of the target DNA in transformed E. coli was done by colony PCR. Recombinant plasmid was isolated from recombinant E. coli followed by DNA sequencing and analysis. DNA sequences were analysed using BLASTn to test the homology with similar genes. The results show that DNAfragment of RT-PCR products from Simalungun and Hibrida types of oil palm have been cloned in E. coli, and the sequences have been confirmed as a fragment of KASII gene. Analysis of the two sequences indicated that there were differences of four nucleotides at position no of 91, 103, 115, and 148. AbstrakSelain meningkatkan produksi, pemuliaan kelapa sawit juga ditujukan untuk meningkatkan kualitas minyak sawit, salah satunya adalah meningkatkan kandungan oleat. Secara konvensional peningkatan kandungan oleat dilakukan melalui penyilangan antara Elaeis guineensis yang tinggi rendemenminyaknya dengan Elaeis oleifera yang tinggi kandungan oleatnya. Rekayasa genetika untuk peningkatan kandungan oleat dapat ditempuh antara lain dengan mening-katkan ekspresi gen penyandi β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII)pada mesokarp buah sawit. Sebagai bagian dari upaya peningkatan kandungan oleat, penelitian ini bertujuan untuk mengklon fragmen gen penyandi KASII dengan pendekatanRT-PCR. RNA total diisolasi dari mesokarp dua tipe kelapasawit yaitu Simalungun dan Hibrida (E. guineensis x E. oleifera), kemudian digunakan dalam sintesis utas pertama cDNA. Amplifikasi fragmen DNA penyandi KASII dilakukan menggunakan primer spesifik dan templat cDNAutas pertama hasil sintesis. Produk RT-PCR diverifikasi dengan elektroforesis pada gel agarosa, diisolasi dan dimurnikan dari gel, disekuen kemudian diklon dalam E. coli menggunakan vektor kloning pGEM-T Easy. Analisis adanyafragmen DNA target dalam sel E. coli transforman dilakukan dengan PCR koloni. Plasmid rekombinan diisolasi dari sel rekombinan dan diverifikasi pada gel agarose kemudian disekuen kembali untuk mengkonfirmasi bahwa fragmenDNA terklon adalah bagian dari gen penyandi KASII. Sekuen DNA dianalisis menggunakan BLASTn untuk mengetahui homologinya dengan gen yang sama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmen DNA produk RTPCR dari kelapa sawit tipe Simalungun dan Hibrida telah terklon dalam E. coli dan sekuen DNAnya dikonfirmasi sebagai fragmen gen penyandi KASII. Hasil analisis sekuen DNA KASII dari tipe Simalungun dengan tipe Hibrida juga mengindikasikan adanya perbedaan pada empat nukleotida yaitu pada posisi ke-91, ke-103, ke-115, dan ke-148.
Ekspresi dan kloning gen penyandi ADP-Glucose Phyrophosphorylase dari tanaman sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Expression and cloning of gene encoding ADP-Glucose Phyrophosphorylase from sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) Asmini BUDIANI1; Riza Arief PUTRANTO; Hayati MINARSIH; Imron RIYADI; . SUMARYONO; Barahima ABBAS
Menara Perkebunan Vol. 83 No. 2: 83 (2), 2015
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v83i2.4

Abstract

AbstractSago palm (Metroxylon sagu Rottb.) is a potential food and energy resources becouse it is the highest starch producing plant.  Breeding of sago palm should be directed to produce elite genotype with superior characters such as high starch content, wider pith diameter, without spine and high starch quality. However, research on sago palm in Indonesia so far is limited espescially in the field of cultivation and breeding, and attempt to produce such elite would take long time. Availability of molecular marker for starch content would be beneficial to shorten the length period of breeding. ADP-Glucose Phyrophosphorylase is one of the important enzymes in starch biosynthesis. Therefore its gene is an interesting subject in order to develope molecular marker of high starch content.  This research was aimed to study the expression of gene encoding AGP in the sago palm with high starch content versus low starch content, and to clone the full cds of the gene. RNA was isolated from leaf and pith of both palms. Exspression analysis and amplify-cation of full cds were conducted by Reverse Transcryptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using specific primers. The results showed that sago palm with higher starch content expressed AGP higher than that of sago palm with lower  starch content. Expression of AGP in the full developing leaf was higher than in the young leaf, and there was no expression detected in the pith. The full cds of AGP was successfully amplified and cloned. Even though the DNA sequence showed high homology with DNA sequence of the same gene that has been deposited in GenBank, there were differences in severall nucleotide including that in the active domain of the enzyme.AbstrakTanaman sagu merupakan sumber pangan dan energi yang sangat potensial untuk dikembangkan karena merupakan tanaman penghasil karbihidrat tertinggi. Pemuliaan tanaman sagu mestinya diarah-kan untuk menghasilkan bibit sagu yang selain memiliki rendemen pati tinggi, juga memiliki diameter empulur besar, tidak berduri dan memiliki cita rasa pati yang enak. Namun, sampai saat ini riset mengenai sagu di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga pemuliaan sagu untuk menghasilkan bibit unggul demikian akan memerlukan waktu lama. Ketersediaan penanda rendemen pati akan sangat membantu mempercepat pemuliaan tanaman tersebut. ADP-Glucose Pyrophosphorylase adalah salah satu enzim yang berperan penting dalam biosintesis pati, sehingga gene penyandinya merupakan subjek yang menarik dalam pengembangan marka kandungan pati tinggi.  Sebagai bagian dari upaya untuk mendapat-kan penanda rendemen pati tinggi pada tanaman sagu, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen penyandi AGP. RNA diisolasi dari daun tanaman sagu rendemen pati rendah dan tanaman sagu rendemen pati tinggi. Perbedaan tingkat ekspresi gen penyandi AGP dari tanaman sagu rendemen pati tinggi vs rendemen pati rendah, dianalisis dengan teknik Reverse-Transcryptase PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman sagu rendemen pati tinggi mengekspresikan AGP lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman sagu rendemen pati rendah. Ekspresi gen tersebut pada daun tua (full developing leaf) lebih tinggi di-bandingkan dengan pada daun muda, dan pada empulur tidak dideteksi ekspresi gen tersebut. Daerah penyandi lengkap AGP subunit kecil telah diklon. Meskipun memiliki homologi yang tinggi dengan sekuen DNA gen yang sama yang telah dideposit pada  GenBank,  namun terdapat perbedaan beberapa nukleotida termasuk pada daerah domain aktif dari enzim tersebut. 
Kloning fragmen gen penyandi β-ketoacyl-ACP synthase II dari dua tipe kelapa sawit dengan kandungan asam oleat yang berbeda Cloning of gene fragment encoding β-ketoacyl-ACP synthase II from two types of oil palm with different oleic acid content Asmini BUDIANI1; Abdul Razak PURBA
Menara Perkebunan Vol. 78 No. 1: 78 (1), 2010
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i1.73

Abstract

AbstractIn addition to increase productivity, oil palm breeding is also aimed to increase oil quality, one of which is oleic acid content. Conventionally, the increase of oleic acid is carried out by crossing between Elaeis guineensis which is high in oilcontent and Elaeis oleifera which contain high oleic acid. Genetic engineering to increase oleic acid might be done by over expressing gene encoding β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII) in the mesocarp of oil palm. As a preliminary workof genetic engineering to increase oleic acid content, this research was aimed to clone DNA fragment of gene encoding KASII by using RT-PCR. Total RNA were isolated from the mesocarp of two different types of oil palms, namelySimalungun (E. guineensis) and Hibrida (E. guineensi x E. oleifera), and used for synthesis of first strand cDNA. Amplification of KASII DNA fragments was carried out using first strand cDNA as a template with specific primers. TheRT-PCR product was verified by electrophoresis on agarose gel, isolated and purified from the gel, sequenced and then cloned into E. coli using pGEM-T Easy cloning vector. Analysis of the target DNA in transformed E. coli was done by colony PCR. Recombinant plasmid was isolated from recombinant E. coli followed by DNA sequencing and analysis. DNA sequences were analysed using BLASTn to test the homology with similar genes. The results show that DNAfragment of RT-PCR products from Simalungun and Hibrida types of oil palm have been cloned in E. coli, and the sequences have been confirmed as a fragment of KASII gene. Analysis of the two sequences indicated that there were differences of four nucleotides at position no of 91, 103, 115, and 148. AbstrakSelain meningkatkan produksi, pemuliaan kelapa sawit juga ditujukan untuk meningkatkan kualitas minyak sawit, salah satunya adalah meningkatkan kandungan oleat. Secara konvensional peningkatan kandungan oleat dilakukan melalui penyilangan antara Elaeis guineensis yang tinggi rendemenminyaknya dengan Elaeis oleifera yang tinggi kandungan oleatnya. Rekayasa genetika untuk peningkatan kandungan oleat dapat ditempuh antara lain dengan mening-katkan ekspresi gen penyandi β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII)pada mesokarp buah sawit. Sebagai bagian dari upaya peningkatan kandungan oleat, penelitian ini bertujuan untuk mengklon fragmen gen penyandi KASII dengan pendekatanRT-PCR. RNA total diisolasi dari mesokarp dua tipe kelapasawit yaitu Simalungun dan Hibrida (E. guineensis x E. oleifera), kemudian digunakan dalam sintesis utas pertama cDNA. Amplifikasi fragmen DNA penyandi KASII dilakukan menggunakan primer spesifik dan templat cDNAutas pertama hasil sintesis. Produk RT-PCR diverifikasi dengan elektroforesis pada gel agarosa, diisolasi dan dimurnikan dari gel, disekuen kemudian diklon dalam E. coli menggunakan vektor kloning pGEM-T Easy. Analisis adanyafragmen DNA target dalam sel E. coli transforman dilakukan dengan PCR koloni. Plasmid rekombinan diisolasi dari sel rekombinan dan diverifikasi pada gel agarose kemudian disekuen kembali untuk mengkonfirmasi bahwa fragmenDNA terklon adalah bagian dari gen penyandi KASII. Sekuen DNA dianalisis menggunakan BLASTn untuk mengetahui homologinya dengan gen yang sama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmen DNA produk RTPCR dari kelapa sawit tipe Simalungun dan Hibrida telah terklon dalam E. coli dan sekuen DNAnya dikonfirmasi sebagai fragmen gen penyandi KASII. Hasil analisis sekuen DNA KASII dari tipe Simalungun dengan tipe Hibrida juga mengindikasikan adanya perbedaan pada empat nukleotida yaitu pada posisi ke-91, ke-103, ke-115, dan ke-148.
Co-Authors . SUMARYONO Abdul Razak PURBA Barahima Abbas Hayati Minarsih Imron RIYADI Riza Arief PUTRANTO