Kota Ternate merupakan ibu kota dari Pemerintah Daerah yang berada di Provinsi Maluku Utara, Ternate pertama menjadi Kota otonom sejak 4 Agustus 2010, dan pernah menjadi Ibu Kota sementara sebelum Ibu kota Sofifi di Provinsi Maluku Utara. Masalah yang kemudian terjadi dengan kurang adanya sistem informasi geografis pemetaan daerah rawan malaria mengakibatkan Pemerintahan yang terkait masih sulit mengetahui informasi mengenai daerah rawan malaria di Kota Ternate. Karena data yang diolah masih dalam bentuk Microsoft Excel dan belum ada pemetaan dari daerah rawan malaria tersebut. Metode pengembangan sistem yang digunakan di dalam penelitian ini ialah metode pengembangan prototype, dimana terdapat 3 proses pada metode ini yaitu mendengarkan kebutuhan pelanggan, membangun serta merancang sistem dan pengujian sistem oleh pelanggan. Sistem informasi geografis ini terdapat dua pengguna yaitu admin dan user. Hasil dari penelitian ini dapat memudahkan pengguna dalam mencari data daerah rawan malaria yang ada di kota ternate tanpa perlu pergi ke Dinas Kesehatan Kota Ternate. Webgis ini sudah dilakukan pengujian pada sistemnya dan dapat digunakan serta semua proses yang ada didalam webgis ini dapat berjalan dengan baik.