Keberadaan pendidikan Islam di Indonesia sudah sejak lama sejak abad ke 13 M namun berbagai persoalan selalu mengiringi pendidikan Islam dari zaman penjajahan kolonial, Orde Lama, Orde Baru, Reformasi, hingga di Era Revolusi Industri 4.0. apalagi di tengah zaman industrialisasi ini memaksakan semua elemen di dalam Negara dan masyarakat berbasis digitalisasi dan manufaktur. Hal ini sangat jauh berbeda dengan paradigm pendidikan Islam yang berfokus pada pembimbingan manusia agar menjadi insan yang berspiritual Islami harus berorientasi pada teknologi dan manufaktur. Ada beberapa permasalahan yang masih menjadi “batu ganjalan” pendidikan Islam di tengah arus deras zaman industrialisasi ini ialah: Pertama, masih adanya dikotomi ilmu (antara ilmu umum dengan ilmu agama); Kedua, masih lemahnya budaya penelitian dalam lembaga pendidikan Islam (baik sarjananya, praktisinya, pengambil kebijakannya, maupun keterbukaan lembaga pendidikan semisal pesantren dan madrasah yang masing menganggap penelitian adalah produk Barat); Ketiga, problem kurikulum yang sering berganti seiring perubahan menteri pendidikan; Keempat, keterbatasan SDM secara kuantiti maupun kualitas (baik guru, dosen, tutor, ustadz, dan lain-lain); Kelima, sistem manajemen pendidikan Islam yang masih tidak tertata dengan baik; penguasaan ilmu pengetahuan dan ICT dalam penyelenggaraan pendidikan, dan; Keenam, sistem evaluasi pendidikan yang selama ini masih bertumpu pada nilai ujian nasional.