ABSTRAK Pendahuluan : Penyakit gigi dan mulut merupakan salah satu masalah kesehatan dengan angka kejadian pada tahun 2018 yaitu 51,9% pada orang dengan usia 15-24. Angka ini dapat disebabkan oleh pertumbuhan bakteri, salah satunya adalah kelompok bakteri Flora Normal Anaerob Tahan Asam (FNATA). Siwak diketahui memiliki efek berupa antibakteri, antiplaque, mengurangi deminerlisasi, dan memperbaiki jaringan yang rusak pada gigi dan rongga mulut. Hal ini menjadi alasan peneliti menggunakan kombinasi siwak dan pasta gigi untuk mengurangi pertumbuhan FNATA sehingga dapat meninkatkan kesehatan gigi dan mulut.Metode : Penelitian ini merupakan penelitian Klinis Non-Terapeutik dengan desain pre dan post group only. Pada penelitian digunakan sampel berupa hasil swab dari gusi dan saliva santri Pondok Pesantren Ar-Razi FK UNISMA dengan rentang usia 19-21 tahun yang akan menyikat gigi dengan pasta gigi dan siwak selama 10 hari. Selanjutkan dilakukan kultur bakteri pada media sukrosa agar dengan Phenol red untuk melihat pertumbuhan Koloni bakteri FNATA. Setelah didapat jumlah koloni FNATA, dilakukan uji signifikansi dan kompartif dengan SPSS.Hasil : Penggunaan pasta gigi menghasilkan perbedaan signifikan terhadap penurunan pertumbuhan FNATA pre dan post perlakuan pada gusi (p = 0,041) dan saliva ( p = 0,00). Penggunaan pasta gigi dan siwak menghasilkan perbedaan signikan terhadap penurunan pertumbuhan FNATA pre dan post perlakuan pada saliva ( p = 0,00).Kesimpulan : Penggunaan kombinasi Pasta gigi dan Siwak tidak menghasilkan perbedaan pengaruh terhadap pertumbuhan koloni bakteri FNATA dibandingkan dengan penggunaan Pasta gigi saja pada sampel gusi dengan p = 0,406 dan saliva dengan p =.0,143. Kata Kunci : Siwak, Pasta gigi, bakteri anaerob, normal flora, gigi dan mulut.