Kebutuhan akan pelayanan kesehatan membuat tersebarnya apotek di Kota Kendari. Penyebaran apotek diikuti dengan tersebarnya Dokter Praktik yang melakukan praktik di beberapa apotek. Untuk itu, dibutuhkan sebuah aplikasi pencarian rute terpendek menuju apotek. Untuk memudahkan seseorang mengenali lokasi berada dibutuhkan landmark sebagai penanda lokasi.Dalam mencari rute terpendek dibutuhkan sebuah algoritma. Algoritma Floyd-Warshall dapat menghitung bobot terkecil dari semua rute yang menghubungkan pasangan titik dengan menghitung sekaligus bobot untuk semua rute yang mungkin dilewati. Algoritma ini efektif digunakan karena kesederhanaan dalam perhitungan matematik.Penelitian dilakukan menggunakan 45 titik awal berupa landmark dan 96 titik tujuan berupa apotek yang ada di Kota Kendari. Data diperoleh dari Dinas Kesehatan Kota Kendari dan observasi langsung di lapangan menggunakan Global Positioning System (GPS) kemudian diolah di Quantum GIS dan diterapkan pada aplikasi berbasis web. Dari hasil pengujian, Algoritma Floyd-Warshall menghasilkan bobot paling kecil. Semakin banyak titik yang dimasukkan maka pencarian akan semakin lama. Kata kunci— Algoritma Floyd-Warshall, Apotek, Kota Kendari, Pencarian Rute Terpendek.