Keberadaan sistem angin Muson, IOD, ITF dan ENSO berpengaruh terhadap perubahan lapisan termoklin di Samudera Hindia. Pada tiap tempat di Samudera Hindia mempunyai variasi kedalaman lapisan termoklin yang berbeda-beda. Keberadaan lapisan termoklin di Samudera Hindia dapat diketahui dengan menentukan besar gradien temperatur pada kolom air laut. Nilai absolut gradien penurunan temperatur vertikal pada lapisan termoklin standar untuk daerah Samudera Hindia adalah lebih dari atau sama dengan 0,05°C/m (Bureau of technical supervision of the P.R of China,1992). Hasil menunjukkan bahwa pada daerah barat Sumatera, dari barat daya ke tenggara kedalaman lapisan termoklin semakin dalam dengan rata rata kedalaman 44,38 meter di barat daya dan 50 meter di tenggara. Demikian juga dengan ketebalan lapisan termoklin menunjukkan dari barat daya (ketebalan rata-rata 103,125 meter) ke tenggara (ketebalan rata-rata 107,5 meter) ke semakin tebal. Pada selatan Jawa, dari utara ke selatan posisi kedalaman dari permukaan lapisan termoklin semakin dalam dengan rata rata kedalaman dari 44,38 meter di selatan dan 63,75 meter di utara. Demikian juga dengan ketebalan lapisan termoklin menunjukkan dari utara (ketebalan rata-rata 114,38 meter) ke selatan (ketebalan rata-rata 133,125 meter) semakin tebal. Keberadaan lapisan termoklin akan berpengaruh terhadap pola penjalaran gelombang akuistik di laut. Posisi sonar yang paling baik untuk mendeteksi kapal selam adalah pada permukaan lapisan termoklin, karena pada posisi ini sonar dapat mendeteksi kapal selam pada mixed layer dan lapisan termoklin