Perlakuan kopigmentasi dan enkapsulasi diketahui efektif dalam meningkatkan kestabilan pewarna alami. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh konsentrasi dan kondisi penyimpanan terhadap kestabilan warna pigmen alami dari ekstrak buah naga merah berbasis air pada aplikasi permen keras, serta mengevaluasi potensi metode kopigmentasi dan enkapsulasi dalam melindungi senyawa bioaktif terkait. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variasi konsentrasi ekstrak buah naga merah terkopigmentasi dan terenkapsulasi tidak memberikan pengaruh signifikan terhadap total antosianin, total betasianin, dan aktivitas antioksidan. Namun, perbedaan intensitas warna mulai terlihat pada konsentrasi 3% dan 3,5%. Setelah 21 hari penyimpanan, permen dengan konsentrasi tersebut menunjukkan nilai total antosianin dan betasianin tertinggi. Permen keras yang disimpan dalam kondisi ruang gelap dan suhu rendah masing-masing mempertahankan kandungan antosianin yang lebih tinggi. Perlakuan kopigmentasi dan enkapsulasi terbukti mampu meningkatkan stabilitas ekstrak buah naga merah terhadap suhu tinggi selama proses pembuatan permen keras, yang ditunjukkan oleh intensitas warna yang lebih baik sebelum penyimpanan. Selain itu, kedua perlakuan tersebut mampu mempertahankan kestabilan pigmen selama penyimpanan, sebagaimana ditunjukkan oleh kestabilan total antosianin, total betasianin, aktivitas antioksidan, dan karakteristik warna.