Teknologi informasi untuk pendidikan seiring berjalannya waktu kian semakin canggih. Media pembelajaran anatomi manusia saat ini lebih banyak merambah pada teknologi 3 dimensi menggunakan media website. Materi-materi tentang ilmu anatomi manusia yang ada pada buku masih tetap di utamakan, tetapi untuk keefektifan pemahaman dan meningkatkan giat belajar, diperlukan pemanfaatan teknologi informasi tersebut. Dalam penelitian ini dikembangkan sebuah aplikasi pembelajaran visualisasi 3 dimensi anatomi manusia khususnya pada organ hati, lambung, dan usus berbasis web. Pada aplikasi ini terdapat juga database untuk tempat penyimpanan materi, objek 3 dimensi, dan gambar-gambar jika diperlukan agar tidak lagi merubah script yang ada. File objek 3 dimensi yang sudah dibuat akan di konvert ke dalam bentuk html dengan menggunakan add-ons Blend4Web. Aplikasi ini menggunakan uji coba metode UEQ (User Experience Questionnaire) dengan jumlah 24 responden dengan nilai rata-rata minimal -1 dan maksimal 2.5. Dari 24 data tersebut mendapatkan hasil bahwa aplikasi ini memiliki nilai rata-rata daya tarik 1.74, kejelasan 1.64, efisiensi 1.48, ketepatan 1.35, stimulasi 1.7, dan kebaruan 1.9.Kata kunci: Anatomi Manusia, Media Pembelajaran, Visualisasi 3 Dimensi