ABSTRAKPenelitian dilakukan dilakukan di perairan Pulau Pagerungan Besar, Kecamatan Sapeken, Sumenep dan di perairan Desa Prancak, Kecamatan Sepuluh, Bangkalan. Tujuan penelitian untuk mengetahui nilai SEQI dan tutupan lamun di perairan Pulau Pagerungan Besar, Kecamatan Sapeken, Sumenep dan di perairan Desa Prancak, Kecamatan Sepuluh, Bangkalan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah transek garis pada 3 titik dan menggunakan transek kuadrat nerukuran 50 x 50 cm pada 2 lokasi yang berbeda. Parameter ketahanan yang digunakan kekayaan spesies lamun, tutupan lamun, tutupan makroalga, tutupan epifit, dan transparansi air. Pada penelitian ini ditemukan 4 jenis lamun yaitu Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Cymodocea serrulata, dan Cymodocea rotundata dan rata-rata persentase tutupan lamun memperoleh 50% pada perairan Kecamatan Sapeken dan 22% pada kecamatan Sepuluh. Sedangkan hasil dari Seagrass Ecological Quality Indeks (SEQI) memperoleh 0.74 pada perairan Kecamatan Sapeken dan masuk dalam kategori baik dan pada perairan Kecamatan Sepuluh memperoleh hasil 0.62 masuk dalam kategori sedang.Kata kunci: SEQI, penutupan lamun, Sapeken, SepuluhABSTRACTThe research was conducted in the waters of Pagerungan Besar Island, Sapeken District, Sumenep and in the waters of Prancak Village, Sepuluh District, Bangkalan. The purpose of the study was to determine the value of SEQI and seagrass cover in the waters of Pagerungan Besar Island, Sapeken District, Sumenep and in the waters of Prancak Village, Sepuluh District, Bangkalan. The method used in this study is a line transect at 3 points and uses a ner squared transect measuring 50x50 cm at 2 different locations. The resistance parameters used are rich in seagrass species, seagrass cover, macroalgae cover, epiphytic cover, and water transparency. In this study, 4 types of seagrasses were found, namely Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Cymodocea serrulata, and Cymodocea rotundata and the average percentage of seagrass cover obtained 50% in the waters of Sapeken District and 22% in Subdistrict Sepuluh. Meanwhile, the results of the Seagrass Ecological Quality Index (SEQI) obtained 0.74 in the waters of Sapeken District and were included in the good category and in the waters of District Ten obtained a result of 0.62 in the medium category.Keywords: SEQI, seagrass closure, Sapeken, Sepuluh