Daerah Jayapura memiliki jenis batuan yang sangat kompleks, salah satunya yaitu batuan sedimen dengan komposisi kimia karbonat yang cakupan wilayahnya cukup luas. Penelitian lebih berfokus pada satuan batugamping Formasi Jayapura (Qpj). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan perubahan ketinggian muka air laut, dan lingkungan pengendapan serta iklim purba yang terjadi saat pembentukan satuan batugamping yang berumur Kuarter (Plio – Plistosen). Penelitian dilakukan dengan metode pemetaan (mapping), pengukuran stratigrafi detail (measured section), analisis petrografi dan mikropaleontologi. Selanjutnya dilakukan pengamatan pada fosil foraminifera untuk menentukan umur dan lingkungan pengendapannya. Penentuan perubahan muka air laut dan lingkungan pengendapan ini menggunakan identifikasi foraminifera bentonik pada 5 sampel batuan. Hasil identifikasi dari foraminifera bentonik menunjukkan selama pembentukan satuan batugamping Kuarter terjadi beberapa kali perubahan muka air laut dan lingkungan pengendapan, dimulai pada saat pembentukan berada pada Neritik Tepi (0 – 100 meter) hingga pengendapan berakhir pada lingkungan pengendapan Neritik Luar (100 – 200 meter). Dilakukan pula identifikasi fosil foraminifera planktonik dan nannoplankton, untuk menentukan umur tiaptiap lapisan batuan. Hasil identifikasi foraminifera planktonik dan nannoplankton menunjukkan umur satuan batuan berada pada Pliosen–Plistosen (N.19–N.23). Foraminifera planktonik ini juga digunakan sebagai indikator suhu pada saat pembentukan batuan. Hasil interpretasi diketahui bahwa pada saat pengendapan satuan batugamping Kuarter ini terjadi beberapa kali perubahan suhu mulai dari hangat hingga dingin sedang, maka dapat pula diketahui iklim purba pada saat pembentukan satuan batugamping Kuarter terjadi perubahan iklim dari iklim tropis sampai iklim transisi.Kata-kata Kunci : Perubahan muka air laut, lingkungan pengendapan, suhu, iklim, dan foraminifera.