Penelitian ini bertujuan (1) Mengetahui motivasi belajar biologi siswa kelas XI di SMAN 20 Gowa berbasis sekolah full day. (2) Mengetahui motivasi belajar biologi siswa kelas XI di MA Madani Alauddin Pao-Pao berbasis sekolah regular. (3) Mengetahui ada atau tidak perbedaan antara motivasi belajar biologi siswa kelas XI di SMAN 20 Gowa berbasis sekolah full day dengan MA Madani Alauddin Pao-Pao berbasis sekolah regular. Jenis penelitian ini adalah penelitian komparatif dengan pendekatan kuantitatif. Hasil analisis deskriptif motivasi belajar biologi siswa di SMAN 20 Gowa berbasis sekolah full day diperoleh rata-rata 97,72, sedangkan pada MA Madani Alauddin Pao-Pao berbasis sekolah regular diperoleh rata-rata 93,72. Hasil uji normalitas Shapiro wilk menunjukkan data normal dengan nilai sig. 0,087 dan 0,057. Pada hasil uji homogenitas diperoleh nilai sig. 0,094 yang menunjukkan bahwa sampel homogen. Hasil uji independent sampel t-tes nilai sig. (2-tailed) 0.013 < 0.05 menunjukkan terdapat perbedaan signifikan motivasi belajar biologi siswa kelas XI di SMAN 20 Gowa berbasis sekolah full day dengan MA Madani Alauddin Pao-Pao berbasis sekolah regular. Skor rata-rata lebih tinggi motivasi belajar di sekolah full day hanya saja perbedaannya tidak terlalu banyak.