Yellowfin tuna merupakan komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Kendala utama dalam budidaya yaitu terjadi kematian massal pada stadia awal pemeliharaan larva. Pengamatan terkait perkembangan awal organ larva yellowfin tuna secara histologi perlu dilakukan untuk mendapat informasi dasar dalam pengembangan teknik pemeliharaan larva. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui perkembangan organ penglihatan, penciuman, gelembung renang dan sistem pencernaan larva secara histologi. Sampel larva diambil sebanyak 15 ekor pada umur satu hari (D1), D3, D5, D7, D10 dan D13. Metode histologi yang digunakan adalah metode Bouins. Sampel direndam selama 4–6 jam pada larutan bouins, dipindahkan ke dalam larutan berisi alkohol 70% untuk didehidrasi dengan konsentrasi bertingkat hingga 100%. Sampel dijernihkan dalam xylene dan diresapkan dalam paraffin, dipotong dengan microtom dan pewarnaan dengan haematoxylin dan eosin. Hasil menunjukkan pada D1 sistem pencernaan berbentuk tabung lurus sederhana, sistem penglihatan, penciuman dan gelembung renang belum terbentuk sempurna. Hari ke 3 saluran pencernaan mulai terbentuk, organ telinga dalam, penciuman, mata, esofagus, lambung dan ginjal juga sudah mulai terbentuk. Retina dan pigmen mata sudah berkembang lebih baik, gelembung renang juga sudah terbentuk dan organ penciuman semakin jelas pada umur D5. Organ-organ larva terus berkembang seiring dengan pertumbuhan dan pertambahan umur larva. Berdasarkan perkembangan penglihatan, penciuman, pencernaan larva yellowfin tuna sudah bisa diberikan pakan pertama pada hari ke 3 setelah menetas.