Cold storage yang dibangun Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) di berbagai daerah sebagai salah satu implementasi kebijakan Sistem Logistik Ikan Nasional (SLIN) yang bertujuan untuk menjaga ketersediaan ikan untuk bahan baku industri dan konsumsi dalam negeri. Cold storage 1.000 ton didirikan untuk menjadi role model sarana buffer stock milik pemerintah di Wilayah Jakarta namun dalam implementasinya masih mengalami kendala karena pemanfaatannya belum optimal dan belum menarik minat pelaku perikanan dalam cakupan yang lebih luas. Tujuan penelitian adalah mengkaji sistem kelembagaan yang diterapkan dalam pengelolaan cold storage 1.000 ton dari perspektif bisnis. Penelitian menggunakan metode studi kasus di cold storage pemerintah yaitu cold storage berkapasitas 1.000 ton yang terletak di Muara Baru, Jakarta Utara. Analisis kelembagaan pengelolaan cold storage dilakukan secara kualitatif deskriptif dengan pendekatan teori Ekonomi Kelembagaan Baru. Output analisis yang diharapkan berupa penilaian terhadap kelembagaan yang berjalan apakah telah sesuai dengan prinsip-prinsip ekonomi kelembagaan baru dan teori yang mendukung lainnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelembagaan cold storage 1.000 ton masih membutuhkan peningkatan pengelolaan. Aspek yang paling berkontribusi terhadap kurangnya kinerja bisnis di cold storage tersebut adalah property right dan flexibility and adaptability. Implikasi yang dapat diberikan adalah perbaikan kelembagaan melalui 1) pengembangan model bisnis yang lebih customize dengan kebutuhan pengguna, 2) pembentukan badan atau lembaga yang lebih otoritatif dalam layanan publik, 3) penyelarasan insentif dan membangun kerja sama dengan cakupan pengguna yang lebih luas, 4) penerapan standar prosedur yang diimbangi komitmen kepatuhan dari stakeholders dan kontrol yang kuat, 5) peningkatan kecepatan dan fleksibilitas layanan serta 6) penetapan harga yang kompetitif.