Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.562
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal e-Biomedik
. Fatimawali
Universitas Sam Ratulangi
Medicine & Pharmacology

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

 1 
Molecular Docking Senyawa Vitexin, Ursolic Acid dan Flavonol dalam Tumbuhan Binahong (Andredera Cordifolia (Ten.) Steenis) yang Berpotensi sebagai Penghambat Pertumbuhan COVID-19 Sensea R. Rambitan; Aaltje Manampiring; . Fatimawali; Billy J. Kepel; Fona Budiarso; Widdhi Bodhi
eBiomedik Vol. 9 No. 2 (2021): eBiomedik
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35790/ebm.v9i2.31825

Abstract

Abstract: Currently, there is no specific treatment for all the COVID-19 patients the procedures that can be done are just a symptomatic and oxygen therapy, Therefore all the people around the world have try to avoid this infection by consuming the potensial plants that can boost our body immunity like Binahong.  This study was an in silico experimental. The finale result is the binding affinity score from each compound, for vitexin’s binding affinity score is – 8.0 kcal/mol, ursolic acid – 7.6 kcal/mol and flavonol – 7.8 kcal/mol. The finale result of this procedure also obtained all the amino acid residues that works on the active site of receptor 6LU7 as a main protase of COVID-19, namely THR24, LEU27, HIS41, THR45, SER46, MET49, PHE140, LEU141, ASN142, GLY143, SER144, CYS145, HIS163, MET165, GLU166 and HIS172. In conclusion, the binding affinity of vitexin, ursolic acid and flavonol are higher than remdesivir. Vitexin, ursolic acid and flavonol have a several similar bonds, particularly the van der waals bond and hydrogen bond.Keywords: Molecular docking, COVID-19, binahong, flavonoid Abstrak: Saat ini belum tersedia rekomendasi tatalaksana khusus bagi pasien COVID-19, termasuk antivirus atau vaksin dan tata laksana yang dapat dilakukan adalah terapi simtomatik dan karena itulah, masyarakat dunia mencoba banyak cara agar menghindari infeksi virus ini dengan mengolah dan mengonsumsi tumbuhan yang dinilai berpotensi dalam meningkatkan imunitas tubuh seperti tumbuhan Binahong. Penelitian ini menggunakan metode penelitian in silico. Pada hasil akhir penelitian diperoleh nilai binding affinity dari ketiga senyawa yaitu senyawa vitexin - 8.0 kcal/mol, Ursolic Acid -7.6 kcal/mol dan Flavonol -7.8 kcal/mol. Diperoleh data mengenai residu asam amino yang bekerja pada sisi aktif reseptor 6LU7 sebagai main protase COVID-19 yaitu THR24, LEU27, HIS41, THR45, SER46, MET49, PHE140, LEU141, ASN142, GLY143, SER144, CYS145, HIS163, MET165, GLU166, dan HIS172. Sebagai simpulan, binding affinity dari senyawa vitexin, ursolic acid dari flavonol lebih tinggi dari nilai binding affinity remdesivir. Senyawa vitexin, ursolic acid dan flavonol memiliki beberapa jenis ikatan yang sama termasuk ikatan van der Waals dan ikatan hydrogen.Kata Kunci: Molecular docking, COVID-19, binahong, flavonoid
Molecular Docking Senyawa Asam Askorbat dan Kuersetin pada Tumbuhan Jambu Biji Merah (Psidium guajava L.) Sebagai Pencegah COVID-19 Inggrid V. Gandu; Fona D. H. Budiarso; Billy J. Kepel; . Fatimawali; Aaltje Manampiring; Widdhi Bodhi
eBiomedik Vol. 9 No. 2 (2021): eBiomedik
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35790/ebm.v9i2.31846

Abstract

Abstract: Coronavirus Disease 2019 or COVID-19 is an infectious disease first identified in Wuhan, China in December 2019. Prevention of COVID-19 infection is an important thing to do in reducing the spread of this virus. Boosting the body's immune system can be done as a preventive measure, one of which is by consuming natural plants such as red guava. This study aims to determine the molecular docking of red guava (Psidium guajava L.) as a plant to prevent COVID-19. This was an in silico with computerized methods. The samples in this study were ascorbic acid and quercetin compounds in red guava plants obtained from the PubChem website. The results showed that the binding affinity of ascorbic acid is -5.4 and the binding affinity of quercetin is -7.6. Remdesivir which was used as a positive control had a binding affinity of -7.3. In conclusion, quercetin compounds have better results than ascorbic acid compounds and remdesivir.Keywords: COVID-19, red guava, molecular docking  Abstrak: Coronavirus Disease 2019 atau COVID-19 merupakan suatu penyakit menular yang pertama kali ditemukan di Wuhan, Tiongkok pada Desember 2019. Pencegahan infeksi COVID-19 merupakan hal yang penting untuk dilakukan dalam mengurangi penyebaran dari virus ini. Meningkatkan sistem imun tubuh dapat dilakukan sebagai tindakan pencegahan salah satunya dengan mengonsumsi tumbuhan-tumbuhan alami seperti jambu biji merah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui molecular docking jambu biji merah (Psidium guajava L.) sebagai tanaman pencegah COVID-19. Jenis penelitian ialah in silico dengan metode komputerisasi. Sampel penelitian yaitu senyawa asam askorbat dan kuersetin pada tumbuhan jambu biji merah yang diperoleh dari website pubchem. Hasil penelitian mendapatkan binding affinity dari senyawa asam askorbat yaitu -5.4 dan binding affinity dari senyawa kuersetin yaitu -7.6. Remdesivir yang dijadikan sebagai kontrol positif mendapatkan hasil binding affinity yaitu -7.3. Simpulan penelitian ini ialah senyawa kuersetin memiliki hasil yang lebih baik daripada senyawa asam askorbat dan juga obat remdesivir.Kata kunci: COVID-19, jambu biji merah, molecular docking
Molecular Docking Terhadap Senyawa Kurkumin dan Arturmeron pada Tumbuhan Kunyit (Curcuma Longa Linn.) yang Berpotensi Menghambat Virus Corona Tiara C. Pradani; . Fatimawali; Aaltje E. Manampiring; Billy J. Kepel; Fona D. Budiarso; Widdhi Bodhi
eBiomedik Vol. 9 No. 2 (2021): eBiomedik
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35790/ebm.v9i2.31888

Abstract

Abstract: At the end of 2019 the world was shocked by the emergence of a new virus, namely the corona virus (SARS-CoV 2) which is called Corona Virus Disease 2019 or COVID-19. The origin of the emergence of this virus is known to have originated in the city of Wuhan, Hubei Province, China in December 2019.1 Research shows a close relationship with the corona virus that causes Severe Acute Respitatory Syndrome (SARS) which broke out in Hong Kong in 2003, until WHO named it the novel corona virus ( nCoV19). Turmeric (Curcuma longa L.) is a tropical plant that has many benefits and is found in many parts of Indonesia. Turmeric is widely used by the community as a traditional medicine to treat several diseases, such as: anti-inflammatory, antioxidant, hepatoprotective, and others. This study aims to determine the content in several compounds in the turmeric plant that have the potential to inhibit COVID-19 by using the molecular docking method. Using the In Silico method, namely molecular docking with the compounds taken were curcumin and ar-turmerone and the main protease COVID-19 (6LU7). This study obtained the binding affinity of curcumin compounds, namely -7.2 and Ar-turmerone -5.8 compounds against Mpro COVID-19. Remdesivir, which was used as a positive control, had a binding affinity of -7.7. In conclusion, remdesivir got better results compared to curcumin and Ar-turmerone compounds.Keywords: Molecular Docking, Turmeric, COVID-19.  Abstrak: Pada akhir tahun 2019 dunia digemparkan dengan munculnya virus baru yaitu corona virus (SARS-CoV 2) yang disebut dengan Corona Virus Disease 2019 atau COVID-19. Awal mula munculnya virus ini diketahui berasal dari Kota Wuhan, Provinsi Hubei, China pada Desember 2019.1  Penelitian menunjukkan hubungan yang dekat dengan virus corona penyebab Severe Acute Respitatory Syndrome (SARS) yang mewabah di Hongkong pada tahun 2003, hingga WHO menamakannya sebagai novel corona virus (nCoV19). Kunyit (Curcuma longa L.) merupakan salah satu jenis tanaman tropis yang banyak memiliki manfaat dan banyak ditemukan di wilayah Indonesia. Kunyit banyak dimanfaatkan masyarakat sebagai obat tradisional untuk mengobati beberapa penyakit seperti: antiinflamasi, antioksidan, hepatoprotektor, dan lain-lain. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan dalam beberapa senyawa pada tumbuhan kunyit yang berpotensi menghambat COVID-19 dengan metode molecular docking. Menggunakan metode In Silico yaitu molecular docking dengan senyawa yang diambil adalah kurkumin dan ar-Turmerone dan main protease COVID-19 (6LU7). Penelitian ini didapatkan hasil binding affinity senyawa kurkumin yaitu -7.2 dan senyawa ar-turmeron -5.8 terhadap Mpro COVID-19. Remdesivir yang digunakan sebagai control positif mendapatkan hasil binding affinity yaitu -7.7. Sebagai simpulan, remdesivir mendapat hasil yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa kurkumin dan ar-turmeron.Kata Kunci: Molecular Docking, Kunyit, COVID-19.
Co-Authors Aaltje E. Manampiring Aaltje Manampiring Billy J. Kepel Fona Budiarso Inggrid V. Gandu Sensea R. Rambitan Tiara C. Pradani widdhi Bodhi