Beberapa konflik dan kekerasan telah mewarnai perjalanan negeri ini, mulai konflik sosial, agama, etnis, maupun politik pernah terjadi di Indonesia yang di dalamnya melibatkan banyak pihak termasuk peserta didik. Pembelajaran pendidikan agama Islam diharapkan mampu memberi solusi, agar terjadi rasa saling menghormati, saling menghargai, meningkatkan rasa kebersamaan, tanpa harus mengusik keyakinan masing-masing. Upaya menjaga kerukunan dan budaya toleransi antar umat beragama melalui pembelajaran pendidikan agama Islam harus diimplementasikan dan dibudayakan. Dalam penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan atau menjelaskan dua hal fokus penelitian, yaitu (1) Bagaimana langkah-langkah penerapan pembelajaran PAI dalam menumbuhkan budaya toleransi antar umat beragama di SMA Nasional dan SMA Taman Madya Malang? (2) Bagaimana dampak penerapan pembelajaran PAI dalam menumbuhkan budaya toleransi antar umat beragama di SMA Nasional dan SMA Taman Madya Malang?. Temuan penelitian menunjukkan bahwa: 1) Langkah-langkah penerapan pembelajaran PAI dalam menumbuhkan budaya toleransi antar umat beragama di kedua lembaga tersebut, yaitu: a) Doa pagi bersama; b) Menanamkan pemahaman ilmu untuk tidak saling membenci antar umat beragama; c) Kebersamaan; d) Kegiatan yang meningkatkan budaya toleransi; e) Bersikap universal dan tidak membeda-bedakan siswa; f) Menjunjung sikap menghargai dan menghormati; g) Memberi kesempatan kepada semua siswa untuk mendapatkan pembelajaran agama sesuai dengan kepercayaan masing-masing; h) Shalat jum’at dan keputrian; i) Kegiatan ekstrakurikuler dan peringatan hari besar Islam. 2) Dampak penerapan pembelajaran PAI dalam menumbuhkan budaya toleransi antar umat beragama di kedua lembaga tersebut meliputi: a) Terciptanya suasana belajar yang nyaman dan kondusif; b) Aktivitas sekolah berjalan lancar dan mempunyai toleransi yang tinggi; c) Terciptanya budaya saling menghormati, menghargai dan menerima perbedaan; d) Terwujudnya kerukunan hidup beragama dalam perbedaan; e) Pelaksanaan beribadah terlaksana dengan baik; f) Menghindari terjadinya konflik dan perpecahan; g) Siswa non muslim masuk Islam (Mualaf).