Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.61
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati 3BIO: Journal of Biological Science, Technology and Management
Endlessa, Chayra
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Immunology & microbiology Neuroscience

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

 1 
Klasifikasi Accipitriformes dan Falconiformes Berdasarkan Penanda DNA Parsial Cytochrome Oxidase 1 (CO1) secara In Silico Ekajaya, Renandy Kristianlie; Endlessa, Chayra; Salsabila, Amalia Putri; Ningrum, Siti Ratu Rahayu; Hidayat, Topik
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 3 (2023): October 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i3.6761

Abstract

Kategori burung pemangsa atau raptors dibagi ke dalam 3 ordo utama, yaitu Accipitriformes, Falconiformes, dan Strigiformes. Klasifikasi antara ordo Accipitriformes dan Falconiformes sering menjadi perdebatan karena spesies-spesiesnya memiliki kesamaan morfologi, namun berbeda saat memakan mangsa. Klasifikasi burung pemangsa yang telah ada memisahkan kedua ordo tersebut berdasarkan perilakunya saat menyergap dan membunuh mangsa. Maka, tujuan penelitian adalah untuk membuktikan pemisahan kedua ordo dengan pendekatan molekuler berupa data DNA. Penelitian ini menggunakan data sekunder sekuens penanda genetik DNA parsial cytochrome oxidase subunit 1 (COI) dari 15 spesies masing-masing ordo dan 1 spesies Strigiformes sebagai outgroup. Data diolah dengan menggunakan software Clustal-X dan PAUP. Hasilnya menunjukkan bahwa semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi berdasarkan sekuens DNA-nya. Rekonstruksi pohon filogenetik mengklasifikasi kedua ordo ke dalam kelompok monofiletik yang membentuk dua cluster berbeda. Penelitian ini telah membuktikan bahwa Accipitriformes dan Falconiformes tidak hanya berbeda berdasarkan perilaku makann saja, melainkan namun juga berdasarkan genetik dari kedua ordo. Meskipun begitu, studi lebih lanjut perlu dilakukan untuk meningkatkan reliabilitas hubungan filogenetik kedua ordo dengan menambahkan jumlah sampel sekunder, jenis penanda genetik, dan data primer.  
Klasifikasi Accipitriformes dan Falconiformes Berdasarkan Penanda DNA Parsial Cytochrome Oxidase 1 (CO1) secara In Silico Ekajaya, Renandy Kristianlie; Endlessa, Chayra; Salsabila, Amalia Putri; Ningrum, Siti Ratu Rahayu; Hidayat, Topik
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 3 (2023): October 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i3.6761

Abstract

Kategori burung pemangsa atau raptors dibagi ke dalam 3 ordo utama, yaitu Accipitriformes, Falconiformes, dan Strigiformes. Klasifikasi antara ordo Accipitriformes dan Falconiformes sering menjadi perdebatan karena spesies-spesiesnya memiliki kesamaan morfologi, namun berbeda saat memakan mangsa. Klasifikasi burung pemangsa yang telah ada memisahkan kedua ordo tersebut berdasarkan perilakunya saat menyergap dan membunuh mangsa. Maka, tujuan penelitian adalah untuk membuktikan pemisahan kedua ordo dengan pendekatan molekuler berupa data DNA. Penelitian ini menggunakan data sekunder sekuens penanda genetik DNA parsial cytochrome oxidase subunit 1 (COI) dari 15 spesies masing-masing ordo dan 1 spesies Strigiformes sebagai outgroup. Data diolah dengan menggunakan software Clustal-X dan PAUP. Hasilnya menunjukkan bahwa semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi berdasarkan sekuens DNA-nya. Rekonstruksi pohon filogenetik mengklasifikasi kedua ordo ke dalam kelompok monofiletik yang membentuk dua cluster berbeda. Penelitian ini telah membuktikan bahwa Accipitriformes dan Falconiformes tidak hanya berbeda berdasarkan perilaku makann saja, melainkan namun juga berdasarkan genetik dari kedua ordo. Meskipun begitu, studi lebih lanjut perlu dilakukan untuk meningkatkan reliabilitas hubungan filogenetik kedua ordo dengan menambahkan jumlah sampel sekunder, jenis penanda genetik, dan data primer.  
In Silico Phylogenetic Analysis of Lamiaceae Based on ITS, matK, and rbcL DNA Barcodes Endlessa, Chayra; Hidayat , Topik; Sriyati , Siti
3BIO: Journal of Biological Science, Technology and Management Vol. 8 No. 1 (2026): Vol 8 No 1 (2026)
Publisher : School of Life Sciences and Technology, Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.5614/3bio.2026.8.1.4

Abstract

Lamiaceae, widely used as herbal medicine, is increasingly vulnerable to adulteration driven by market demand, compromising product safety and efficacy. Prevention is challenging due to morphological similarities; thus, DNA-based phylogenetics offer an alternative for accurate species authentication. However, Lamiaceae phylogenetics remain complicated by inconsistencies between morphological and DNA data. This study reconstructed Lamiaceae phylogeny using partial ITS, matK, and rbcL barcodes to evaluate their potential application in species authentication and adulteration prevention. Sequences for 52 species across 11 genera (Spathodea campanulata: outgroup) were obtained from NCBI GenBank, aligned, and trimmed. Four maximum parsimony (MP) trees were constructed in MEGA 11 (three single-barcode, one concatenated). The concatenated dataset was also analyzed by maximum likelihood (ML). Tree robustness was evaluated with bootstrapping, consistency index (CI), and retention index (RI). matK had the longest mean sequence (785.6 bp), rbcL the highest homology (83.5%), and ITS the most parsimony-informative sites (40.3%). MP trees exhibited moderate homoplasy (mean CI = 0.63) but strong synapomorphic signal (mean RI = 0.83). Individual barcodes produced similar genus groupings, yet misplaced several species. Concatenation corrected these positions across MP and ML trees, resolving six robust monophyletic clades (bootstrap >70%), broadly consistent with earlier phylogenies: Callicarpa; Scutellaria; Clerodendrum, Lamium, and Stachys; Salvia; Thymus, Origanum, and Mentha; Orthosiphon and Ocimum. Topological discrepancies with prior studies likely reflect differences in barcode choice and taxon sampling. Concatenated barcodes improved phylogenetic resolution in Lamiaceae, producing clades that identify potential adulterants and guide DNA marker development for species authentication and adulterant detection.
Co-Authors Ekajaya, Renandy Kristianlie Ningrum, Siti Ratu Rahayu Salsabila, Amalia Putri Sriyati , Siti Topik Hidayat