Tanaman kratom (Mitragyna speciosa Korth.) merupakan salah satu komoditas ekspor yang cukup menjanjikan dari Indonesia. Salah satu syarat suatu komoditas dapat diekspor harus memenuhi batasan kandungan mikrobiologi yang mengacu pada SNI dan AHPA. Bahan baku kratom yang terkontaminasi mikroorganisme, terutama mikroorganisme patogen akan membahayakan kesehatan konsumen. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis cemaran mikrobiologis tiga varian daun kratom, yaitu kratom merah, putih, dan hijau dalam bentuk serbuk kering simplisia. Uji cemaran mikrobiologi daun kratom meliputi cemaran bakteri Salmonella sp., Escherichia coli, dan kapang khamir. Uji cemaran bakteri Salmonella sp. dilakukan dengan menggunakan media Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) dan Brilliat Green Agar (BGA) dengan suhu inkubasi 37oC selama 24 jam. Uji cemaran terhadap bakteri E. coli dilakukan dengan menggunakan media ColiformEscherichia coli Color Indicator dengan suhu inkubasi 35oC selama 24 jam. Penentuan kontaminasi kapang khamir menggunakan media Yeast and Mold Color Indicator dengan suhu 25oC selama 72 jam. Hasil uji yang telah dilakukan menunjukkan bahwa daun kratom merah, putih dan hijau tidak terkontaminasi bakteri Salmonella sp. dan E. Colitetapi terkontaminasi kapang khamir  yang lebih dari 104 koloni/gram. Kata Kunci: Ganja Borneo, Salmonella sp., Escherichia coli, Kapang Khamir, Koloni  The kratom plant (Mitragyna speciosa Korth.) is one of the most promising export commodities from Indonesia. One of the conditions for a commodity to be exported must meet the microbiological content limits referring to SNI and AHPA. Export commodities that do no meet the standards will be detained during the production and delivery process. Therefore, this study aims to analyze the microbiological contamination of three variants of kratom leaves, namely red, white and green kratom. Tests for microbiological contamination of kratom leaves include contamination of Salmonella sp., Escherichia coli, and yeast molds. Salmonella sp. bacteria contamination test carried out using Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) and Brilliat Green Agar (BGA) media with an incubation temperature of 37oC for 24 hours. Contamination tests on E. coli bacteria were carried out using Coliform Escherichia coli Color Indicator media with an incubation temperature of 35oC for 24 hours. Determination of yeast contamination using Yeast and Mold Color Indicator media at 25oC for 72 hours. The results of the tests that have been carried out show that the red, white and green kratom leaves are not contaminated with Salmonella sp. and E. coli, but contaminated with yeast and Mold which is more than 104 colonies/gram.