Besarnya biaya yang dibutuhkan oleh Pondok Pesantren dalam menghidupi para santrinya sehingga sangat dibutuhkan kemandirian ekonomi Pesantren agar Pondok tidak tergantung dari bantuan dan pembayaran iuran bulanan dari wali santri dan terwujudnya kemandirian ekonomi yang diharapkan dapat menopang perekonomian Pesantren. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui konsep manajemen dan pelaksanaan sumber daya manusia perspektif Ekonomi Islam di Pondok Pesantren Balikpapan, disertai faktor pendukung dan penghambatnya. Metode yang digunakan merupakan kualitatif berupa studi kasus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsep manajemen sumber daya manusia perspektif Ekonomi Islam ialah proses penarikan, seleksi, pengembangan, pemeliharaan, dan penggunaan sumber daya manusia yang diberdayakan sesuai tuntunan syariat Islam untuk mencapai tujuan individu maupun organisasi; Pelaksanaan manajemen sumber daya manusia dalam mewujudkan kemandirian ekonomi Pesantren di Balikpapan yaitu dengan menggunakan teori Yusanto dan Widjajakusuma dengan memperhatikan ciri kafa’ah, himmatul ‘amal, dan amanah; Faktor pendukung ialah Pesantren selalu mendapat dukungan penuh dari Bank Indonesia dan Kantor Perwakilan Balikpapan sejak Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan terpilih menjadi juara 1 pada tahun 2018 sebagai Pesantren Unggulan melalui kegiatan Festival Ekonomi Syariah, sementara untuk penghambatnya ialah lokasi yang masih terbatas dan kendala biaya jika proyek yang ditangani unit usaha terlalu besar.