Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis apakah terdapat pertentangan peraturan terkait pendaftaran hak pakai dengan jangka waktu atas nama pemerintah desa di atas tanah hak milik Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Paku Alaman serta menganalisis akibat hukum pendaftaran hak pakai dengan jangka waktu atas nama pemerintah desa di atas tanah hak milik Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Paku Alaman. Penelitian ini merupakan penelitian hukum normatif dengan tipe penelitian doctrinal, pendekatan yang di gunakan adalah pendekatan undang-undang, pendekatan konseptual dan pendekatan sejarah, sifat penelitianya adalah prespektif, dengan mengunakan bahan hukum primer dan skunder, tehnik pengumpulan bahan hukum yang digunakan adalah studi kepustakaan dengan teknis analisis bahan hukum silogisme deduktif. Hasil penelitian Pertama: terdapat pertentangan peraturan secara vertikal terkait teknis pendaftaran hak pakai dengan jangka waktu di atas tanah milik Kasultanah dan/atau Kadipaten. Dapat dilihat dari tata urutan peraturan perundang-undangan menurut Pasal 7 Undang-Undang Nomor 12 Tahun 20ll tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2022 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2011 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-Undangan dan teori jenjang norma dimana peraturan derah provinsi berada di bawah peraturan pemerintah. Kedua: akibat hukum yang akan timbul dengan diterbitkannya hak pakai dengan jangka waktu di atas tanah hak milik Kasultanan dan Kadipaten adalah akan mengakibatkan hapusnya hak pakai dengan jangka waktu atas nama pemerintah desa yang di terbitkan di atas hak milik Kasultanan dan Kadipaten karena subjek hak atas hak pakai dengan jangka waktu tidak lagi memenuhi syarat serta akta PPAT sebagai dasar pemberian hak pakai kepada pemerintah desa tidak dapat didaftarkan karena subyek hak yang akan diberikan hak pakai dengan jangka waktu di atas tanah milik Kasultanan dan Kadipaten tidak sesuai aturan teknis pendaftaran tanah.