Abstrak Infeksi menular seksual (IMS) masih menjadi tantangan kesehatan global, termasuk di Indonesia, terutama pada kelompok usia produktif 15-49 tahun. Di Kota Bogor, angka kasus IMS mengalami peningkatan, namum belum sepenuhnya menggambarkan kondisi yang sebenarnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis situasi IMS secara mendalam dan menetapkan prioritas masalah kesehatan menggunakan metode PAHO-adapted Hanlon, yang mengacu pada pembobotan Basic Priority Rating (BPR) berdasarkan lima kriteria utama, yaitu, A=Masalah utama; B=Keseriusan masalah; C=Efektivitas intervensi; E=Ketidakadilan; F=Kapasitas institusi dalam mengatasi masalah. Penelitian ini dilaksanakan di Dinas kesehatan Kota Bogor pada Oktober 2024 hingga Januari 2025, dengan pendekatan kualitatif dan kuantitatif, serta disajikan secara deskriptif. Penelitian ini menggunakan sumber data primer yang diperoleh melalui wawancara sementara data sekunder bersumber dari profil kesehatan, laporan Umpan Balik P3MS, dan laporan SIHA Dinas Kesehatan Kota Bogor. Penilaian ini melibatkan enam pejabat struktural Dinas Kesehatan Kota Bogor serta enam pemegang program IMS dari puskesmas dengan angka kasus IMS tertinggi. Hasil analisis menunjukkan enam masalah kesehatan utama dengan skor PAHO tertinggi pada HIV/AIDS (36,02), diikuti sifilis dan sifilis kongenital (22,67), gonore (22,14), infeksi Human Papilloma Virus (13,16), infeksi Herpes Simplex Virus (10,43), dan infeksi klamidia (7,85). HIV/AIDS ditetapkan sebagai prioritas utama karena target Fast Track 95-95-95 belum tercapai, dengan capaian indikator saat ini: 82% Orang dengan HIV (ODHIV) mengetahui statusnya, 31% menjalani pengobatan, dan 67% memiliki viral load tersupresi. Untuk mengatasi permasalahan ini, diperlukan peningkatan kapasitas tenaga kesehatan dan konselor HIV/AIDS, pelatihan Perawatan, Dukungan dan Pengobatan (PDP) secara berkala, kampanye edukasi massal berbasis komunitas untuk mengurangi stigma dan diskriminasi, serta penambahan jumlah petugas penelusur dengan melibatkan lebih banyak LSM dan organisasi local guna mempercepat pencapaian target Fast Track 95-95-95.