Untuk dapat menghasilkan daging babi yang siap dikonsumsi tentunya perlu melewati berbagai tahapan mulai dari peternakan hingga pengemasan. Pada berbagai tahapan ini, peluang terjadinya kontaminasi dengan mikrob patogen sangat besar. Mikrob patogen yang sering ditemui pada daging babi salah satunya E. coli yang seringkali menjadi pemicu kejadian foodborne disease pada manusia. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa isolat E. coli yang diisolasi dari peternakan babi di Kota Kupang diketahui telah mengalami multidrug-resistan (MDR) yang mana apabila kejadian ini menyebar dapat berdampak buruk bagi masyarakat. RPH merupakan tempat penyembelihan hewan yang diawasi oleh dokter hewan dengan tujuan untuk dapat menghasilkan daging dengan kualitas baik bagi masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengukur cemaran E. coli, mengidentifikasi serta isolasi MDR E. coli dari daging babi segar yang berasal dari RPH Oeba, Kota Kupang. Penghitungan jumlah E. coli dilakukan berdasarkan Standar Nasional Indonesia (SNI) ISO 16649–2:2001 tentang Metode Horizontal Enumerasi E. coli positif-b-glukuronidase - Bagian 2: Teknik penghitungan koloni pada suhu 44 °C menggunakan 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-b-D-glucuronide. Uji resistansi E. coliterhadap antibiotik dilakukan berdasarkan metode Kirby-Bauer. Data terkait jumlah cemaran E. coli dan pengujian resistansi E. coli terhadap antibiotik dianalisis secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan cemaran E. coli dalam daging babi yang digunakan memiliki rata-rata 626.440±947.937 CFU/g. Semua isolat E. coli telah resistan terhadap penisilin (100%), sebagian besar isolat E. coli resistan terhadap streptomisin (80%) dan tetrasiklin (60%), serta hampir sebagian isolat E. coli resistan terhadap oksitetrasiklin (47%), amoksisilin (40%). Isolat lapang E. coli yang diperoleh dari daging babi telah MDR terhadap 2 (7/15;46,67%) sampai dengan 3 (7/15;46,67%) golongan antibiotik. Simpulan dari penelitian ini yaitu, cemaran E. coli dalam daging babi yang berasal dari RPH Oeba melebihi ambang batas maksimum cemaran mikrob yang telah ditetapkan (>1x101 CFU/g). Isolat E. coli telah resistan terhadap penisilin, streptomisin, tetrasiklin, oksitetrasiklin, dan amoksisilin dan telah MDR terhadap 2 sampai dengan 3 golongan antibiotik.