Pelabuhan penyeberangan merupakan pelabuhan yang melayani kegiatan angkutan penyeberangan. Salah satu pelabuhan penyeberangan yang ada di Indonesia adalah Pelabuhan Penyeberangan Hunimua yang terletak di Provinsi Maluku. Pelabuhan Hunimua memiliki prioritas utama untuk keamanan para pengguna jasa, salah satu indikatornya adalah sterilisasi dan manajemen lalu lintas penumpang dan kendaraan yang sesuai dengan Peraturan Menteri Nomor 91 Tahun 2021 tentang Zonasi di Kawasan Pelabuhan yang Digunakan untuk Melayani Angkutan Penyeberangan dan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perhubungan Darat Nomor SK.242/HK.104/DRDJ/2010 tentang Pedoman Teknis Manajemen Lalu Lintas Penyeberangan. Hal tersebut sangat penting diterapkan karena jika tidak diterapkan akan menjadikan pelabuhan tidak tertib. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kondisi eksisting sterilisasi dan manajemen lalu lintas penumpang dan kendaraan, mengetahui strategi yang dapat dilakukan untuk mendukung penerapan sterilisasi pelabuhan penyeberangan dan manajemen lalu lintas penumpang dan kendaraan. Metode yang digunakan untuk menganalisis permasalahan tersebut menggunakan metode observasi dengan membandingkan kondisi eksisting dengan peraturan. Hasil penelitian tersebut didapatkan bahwa pada Pelabuhan Penyeberangan Hunimua perlu diterapkannya sterilisasi dan manajemen lalu lintas penumpang dan kendaraan serta perlu adanya fasilitas pelengkap seperti rambu dan petugas yang berperan penting dalam mengatur dan menertibkan para pengguna jasa di Pelabuhan Penyeberangan Hunimua.