ABSTRAK Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penerapan metode ilmiah dalam penyusunan tesis oleh mahasiswa Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara. Fokus penelitian diarahkan pada pemahaman mahasiswa mengenai aspek ontologis, epistemologis, dan aksiologis metode ilmiah serta bagaimana nilai-nilai keislaman diintegrasikan dalam proses penelitian. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis studi kasus. Data dikumpulkan melalui wawancara mendalam, observasi proses bimbingan dan seminar akademik, serta analisis dokumen proposal dan tesis mahasiswa. Analisis data dilakukan menggunakan model Miles dan Huberman yang meliputi reduksi, penyajian, serta verifikasi data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar mahasiswa memahami langkah-langkah prosedural metode ilmiah, namun masih terdapat kendala dalam penerapannya secara filosofis, terutama pada aspek epistemologi dan aksiologi. Penelitian juga menemukan bahwa nilai-nilai keislaman seperti kejujuran ilmiah, tanggung jawab moral, dan orientasi kemaslahatan mulai terinternalisasi, meskipun belum diterapkan secara konsisten. Dukungan dosen pembimbing dan pedoman akademik menjadi faktor pendukung utama, sementara keterbatasan literasi metodologis dan kurangnya refleksi filosofis menjadi faktor penghambat. Dengan demikian, penguatan pemahaman metode ilmiah berbasis filsafat ilmu perlu dioptimalkan dalam proses pembimbingan tesis di MPAI UMSU.