Pengelolaan pajak dan retribusi daerah adalah suatu teknik yang terdiri dari perencanaan, pengorganisasian, pergerakan atau pelaksanaan, dan pengendalian atau pengawasan yang dilakukan dalam rangka menetapkan dan mencapai tujuan tertentu melalui penggunaan sumber daya manusia dan lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis pengelolaan pajak daerah dan retribusi daerah dalam peningkatan Pendapatan Asli Daerah kota Jayapura dengan empat aspek yaitu perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, dan pengawasan. Data yang digunakan dalam penelitian ini yaitu data primer berupa wawancara dengan pihak terkait dan data sekunder berupa laporan Target dan Realisasi Penerimaan Pendapatan Daerah Kota Jayapura tahun 2018-2022. Penelitian ini dilakukan di kantor Badan Pendapatan Daerah Kota Jayapura. Metode analisis data yang digunakan yaitu analisis deskriptif kualitatif. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa pengelolaan pajak dan retribusi daerah di kota Jayapura secara garis besar telah dilakukan secara efektif; pengelolaan pajak dan retribusi daerah terhadap pendapatan asli daerah kota Jayapura dilakukan dengan beberapa aspek yaitu pertama, perencanaan dimana dilakukan untuk menyusun rencana-rencana dalam pengelolaan dan menetapkan target yang harus dicapai. Kedua yaitu pengorganisasian, dimana dilakukan pembagian tugas para pegawai, ketiga yaitu pelaksanaan, setiap tugas yang diberikan dilaksanakan sesuai dengan SOP dan tanggungjawab. Serta yang keempat yaitu pengawasan, dilakukan pengawasan terhadap usaha-usaha dengan alat Terminal Monitoring Device (TMD) dan Mobile Payment Online System (MPOS).