Pendidikan toleransi adalah fondasi penting untuk menjaga keharmonisan dalam masyarakat yang majemuk. Namun, laporan survei SETARA Institute (2023) mengungkap bahwa meskipun 70,2% siswa SMA memiliki sikap toleran, terdapat 24,2% yang masuk kategori intoleran pasif, 5% intoleran aktif, dan 0,6% berpotensi terpapar radikalisme. Selain itu, 33% siswa mendukung tindakan membela agama hingga mati, dan 56,3% menyetujui syariat Islam sebagai landasan negara. Fakta ini menunjukkan adanya ancaman nyata terhadap nilai-nilai kebangsaan dan keberagaman. Islam, melalui Al-Qur'an, memberikan panduan komprehensif mengenai toleransi sebagai nilai utama dalam kehidupan sosial. Artikel ini mengkaji konsep pendidikan toleransi dalam Al-Qur'an melalui analisis ayat-ayat Al-Hujurat ayat 13, Al-Baqarah ayat 256, Surah Al-Kafirun, dan Al-Maidah ayat 8. Fokus utamanya adalah implementasi nilai-nilai tersebut dalam Tri Pusat Pendidikan: keluarga, sekolah, dan masyarakat, sebagai strategi pendidikan holistik. Dengan metode studi literatur dan pendekatan tafsir tematik, kajian ini menunjukkan bahwa sinergi Tri Pusat Pendidikan berbasis nilai Qur'ani dapat menjadi solusi strategis dalam menghadapi ancaman intoleransi serta membangun generasi yang inklusif, berkeadaban, dan memiliki kesadaran sosial yang tinggi. Hasil penelitian adalah Pendidikan toleransi memerlukan sinergi antara keluarga, sekolah, dan masyarakat. Keluarga menanamkan toleransi sejak dini melalui keteladanan, sementara sekolah mengintegrasikan nilai-nilai Qur'ani dalam kurikulum dan menciptakan lingkungan yang menghargai perbedaan. Masyarakat memperkuat nilai ini melalui kegiatan sosial. Dengan pendekatan ini, pendidikan toleransi berbasis Al-Qur'an dapat membentuk generasi yang memahami dan menerapkan nilai keberagaman dalam kehidupan.