Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), khususnya materi pada struktur tumbuhan, seringkali menjadi tantangan bagi siswa sekolah dasar karena sifatnya yang abstrak dan tidak dapat diamati secara langsung. Penelitian ini dilatarbelakangi oleh kesulitan yang dihadapi siswa di SD No. 8 Jimbaran dalam memvisualisasikan konsep tersebut, yang di mana media pembelajaran konvensional belum mampu memberikan pengalaman interaktif yang memadai. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis secara komparatif efektivitas dua pendekatan teknologi Augmented Reality (AR), yaitu Marker-Based dan Markerless, sebagai media pembelajaran struktur tumbuhan. Penelitian ini memiliki implikasi praktis untuk memberikan rekomendasi berbasis bukti kepada pendidik dalam memilih teknologi AR yang paling efektif. Metode penelitian yang digunakan adalah komparatif kuantitatif dengan mengembangkan dua aplikasi AR identik yang diuji pada 18 skenario berbeda, mencakup variasi jarak, ketinggian, dan sudut. Hasil pengujian menunjukkan bahwa metode Markerless secara signifikan lebih unggul dengan tingkat akurasi deteksi mencapai 77.8%, dibandingkan dengan metode Marker-Based yang hanya mencapai 70.0%. Kinerja metode Marker-Based menurun drastis seiring bertambahnya jarak, sementara metode Markerless menunjukkan stabilitas dan konsistensi yang jauh lebih tinggi di berbagai kondisi. Disimpulkan bahwa AR dengan metode Markerless lebih efektif, andal, dan fleksibel untuk diterapkan sebagai media pembelajaran interaktif, sehingga lebih direkomendasikan untuk mendukung pembelajaran mandiri dan eksploratif siswa.