Waktu tunggu kapal merupakan salah satu indikator penting dalam efisiensi operasional pelabuhan, dimana antrian yang panjang dapat menyebabkan penundaan yang signifikan, peningkatan biaya operasional, dan gangguan dalam rantai pasokan logistik. Sebagai pintu gerbang penting bagi wilayah Nusa Tenggara Timur, Pelabuhan Kelas III Labuan Bajo mengalami berbagai tantangan operasional yang mempengaruhi efisiensi logistik dan distribusi barang. Meskipun pelabuhan ini memiliki potensi besar sebagai pusat distribusi, permasalahan seperti lamanya waktu tunggu kapal masih menjadi kendala utama. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor yang mempengaruhi waktu tunggu kapal General Cargo di Pelabuhan Kelas III Labuan Bajo dengan pendekatan kualitatif dan kuantitatif. Data yang dianalisis meliputi waktu bongkar muat (loading dan unloading time), rasio pemakaian dermaga (berth occupancy ratio (BOR)) dan waktu tidak operasional (non-operating time (NOT)), yang dikombinasikan dengan wawancara dan observasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keterbatasan fasilitas pelabuhan dan ketidak efisienan operasional merupakan faktor utama yang mempengaruhi waktu tunggu. Perbandingan dengan standar pelayanan pelabuhan dari Direktoran Jenderal Perhubungan Laut Kementerian Perhubungan mengindikasikan bahwa tingkat pelayanan saat ini belum memenuhi standar. Penelitian ini menyarankan perbaikan pada manajemen operasional dan penambahan fasilitas pelabuhan untuk mengurangi waktu tunggu kapal. Penelitian ini berkontribusi pada pemahaman yang lebih mendalam tentang tantangan operasional yang dihadapi oleh pelabuhan dan memberikan wawasan bagi pengembangan strategi untuk mengurangi waktu tunggu kapal yang pada akhirnya dapat meningkatkan efisiensi operasional dan daya saing pelabuhan.