Pengembangan keterampilan literasi sains merupakan prioritas utama dalam capaian pembelajaran fase E di tingkat SMA. Berdasarkan laporan PISA 2022, keterampilan literasi sains siswa di Indonesia mengalami penurunan. Literasi sains perlu diterapkan dalam pembelajaran interaktif untuk mendukung penguasaan konsep materi ekosistem, salah satunya dengan penggunaan e-modul interaktif berbasis Discovery Learning. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan e-modul interaktif berbasis Discovery Learning yang memenuhi kriteria valid, praktis, dan efektif dalam melatihkan keterampilan literasi sains siswa kelas X SMA. Penelitian ini mengadopsi model pengembangan ADDIE (Analyze, Design, Development, Implementation, Evaluation) dan uji coba terbatas dilakukan kepada 30 siswa kelas X-5 SMAN 1 Gedangan. Tingkat validitas e-modul diperoleh dari penilaian para validator, kepraktisan diukur melalui uji keterbacaan Grafik-Fry dan respon siswa, serta keefektifan dinilai dari hasil belajar siswa dan ketercapaian indikator literasi sains. Data dianalisis secara kuantitatif deskriptif. Hasil validasi menunjukkan nilai rata-rata 99,67% yang termasuk dalam kategori sangat valid. Uji keterbacaan menunjukkan kesesuaian dengan kemampuan berpikir siswa kelas X, dan respon siswa menunjukkan tingkat kepraktisan sebesar 98% dan termasuk dalam kategori sangat praktis. Hasil belajar siswa memperoleh rata-rata nilai 88,06 dengan persentase ketuntasan 100% pada sub materi komponen penyusun ekosistem dan rata-rata nilai 89,4 dengan persentase ketuntasan 100% pada sub materi interaksi antar komponen ekosistem. Ketercapaian indikator literasi sains memperoleh rata-rata persentase capaian 88,21% pada sub materi komponen penyusun ekosistem dan memperoleh rata-rata persentase capaian 89,40% pada sub materi interaksi antar komponen ekosistem. Berdasarkan keseluruhan hasil tersebut, maka e-modul interaktif berbasis Discovery Learning dinyatakan layak digunakan sebagai media pembelajaran.