Modulasi El Nino-Southern Oscillation (ENSO) memengaruhi curah hujan di wilayah monsunal seperti Jawa Timur, tetapi pendekatan triwulan konvensional (DJF, MAM, JJA, SON) sering gagal menangkap variasi musiman dan meningkatkan risiko salah positif. Penelitian ini mengusulkan pendekatan alternatif untuk mengevaluasi signifikansi modulasi El Nino-Southern Oscillation (ENSO) terhadap curah hujan menggunakan analisis 12 triwulan tumpang tindih dan metode bootstrap ganda. Fokus penelitian bertujuan untuk menghasilkan alternatif perhitungan signifikansi ENSO terhadap curah hujan melalui pendekatan bootstrap ganda. Data curah hujan bulanan dari 202 pos hujan utama periode 1991–2020 diolah menjadi 12 periode triwulanan untuk menangkap variasi yang tidak ditangkap oleh pendekatan triwulan konvensional. Oceanic Nino Index (ONI) digunakan untuk mengkategorikan fase ENSO. Metode bootstrap ganda digunakan dengan melakukan bootstrap ke curah hujan pada fase El Nino dan La Nina. Hasil bootstrap kemudian dibandingkan dengan menggunakan histogram dengan pendekatan lebar Freedman-Diaconis. Hasil menunjukkan bootstrap ganda mampu memberikan gambaran signifikansi yang lebih ketat dibandingkan bootstrap tunggal. Batas 90% direkomendasikan sebagai taraf signifikansi. Triwulan penuh mampu memberikan gambaran yang lebih baik dibandingkan penggunaan triwulan konvensional. Analisis spasial dan regresi mengidentifikasi kabupaten dengan signifikansi modulasi ENSO yang lebih kuat. Pendekatan alternatif ini menawarkan evaluasi yang lebih rinci dan fleksibel untuk menilai apakah ENSO memodulasi curah hujan suatu wilayah secara signfikan.