Latar Belakang: Prinsip checks and balances merupakan mekanisme penting dalam sistem pemerintahan untuk memastikan keseimbangan dan pengawasan antar cabang kekuasaan guna mencegah penyalahgunaan wewenang. Penelitian ini membandingkan penerapan prinsip checks and balances pada masa Orde Baru dan Reformasi, dengan menggunakan tiga indikator utama: pengawasan antar cabang kekuasaan, pemeriksaan dan audit oleh lembaga independen, serta perlindungan terhadap hak asasi manusia. Menggunakan metode penelitian doktrinal, penelitian ini menemukan bahwa pada masa Orde Baru, checks and balances tidak berjalan efektif karena kekuasaan eksekutif yang sangat dominan, lemahnya pengawasan dari legislatif dan yudikatif, serta terbatasnya peran lembaga independen dalam pemeriksaan dan audit. Selain itu, perlindungan terhadap hak asasi manusia juga sangat lemah, ditandai dengan pembatasan kebebasan berpendapat dan berbagai pelanggaran HAM yang terjadi secara sistematis. Metode Penelitian: Dalam penelitian ini menggunakan pendekatan doktrinal. Pendekatan doktrinal mengandung karakter normatif oleh karena memiliki sasaran penelitian berupa sekumpulan norma/black letter law. Hasil Penelitian: Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa penerapan prinsip checks and balances pada masa Reformasi lebih baik dibandingkan dengan masa Orde Baru. Meskipun masih terdapat tantangan seperti intervensi politik dan praktik korupsi, peningkatan mekanisme pengawasan, transparansi, dan perlindungan HAM telah memperkuat sistem demokrasi di Indonesia. Kesimpulan: Lembaga pemeriksaan dan audit juga mengalami reformasi, dengan semakin kuatnya peran BPK serta pembentukan lembaga independen lainnya, seperti Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK), yang bertugas memastikan transparansi dan akuntabilitas dalam pengelolaan keuangan negara.