Peran dari adanya pengaturan kesiswaan dalam meningkatkan prestasi siswa sangatlah penting, karena manajemen kesiswaan merupakan pengaturan kepada segala aktivitas yang dilakukan para siswa di madrasah. Dengan begitu, dampak dari adanya pengelolaan manajemen kesiswaan yang baik di suatu madrasah tentu akan memperoleh hasil yang baik juga, terutama dalam hal prestasi siswa. Berdasarkan permasalahan di atas, penelitian ini mempunyai tiga tujuan. Tujuan penelitian adalah 1). Deskripsi Manajemen Kesiswaan di MTs Negeri 3 Jombang. 2). Deskripsi Prestasi Siswa di MTs Negeri 3 Jombang. 3). Deskripsi Implementasi Manajemen Kesiswaan dalam Peningkatan Prestasi Siswa di MTs Negeri 3 Jombang.Penelitian ini dilakukan dengan metode kualitatif dan pendekatan penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif. Data dikumpulkan dengan teknik wawancara, observasi lapangan dan catatan. Informan penelitian ini adalah kepala madrasah, ketua bidang kesiswaan, sekertaris bidang kesiswaan serta beberapa siswa yang berprestasi di MTs Negeri 3 Jombang ini. AdapunĀ data yang dikumpulkan selama observasi dan wawancara dianalisis menggunakan teknik triangulasi. Berdasarkan hasil penelitian ini bahwasannya: proses implementasi manajemen kesiswaan dalam peningkatan prestasi siswa di MTs Negeri 3 Jombang sudah berjalan sesuai dengan teori yang ada dimulai dari adanya perencanan yang dilakukan madrasah yakni adanya rapat kerja tahunan dan rapat kerja madrasah. Pengorganisasian dilaksanakan dengan adanya pembentukan tim khusus bagian manajemen kesiswaan tersendiri yang juga terdapat ketua penanggung jawab yang biasa disebut dengan waka bidang kesiswaan yang juga menaungi segala aspek terkait pengelolaan manajemen siswa di madrasah.