Penelitian ini menganalisis pengaruh sistem operasi terhadap kinerja, keamanan, stabilitas, efisiensi, dan biaya operasional sistem informasi organisasi. Dua sistem operasi utama, Linux dan Windows, dibandingkan berdasarkan berbagai parameter untuk menentukan keunggulan masing-masing dalam mendukung sistem informasi. Melalui survei dan tinjauan literatur, ditemukan bahwa Linux unggul dalam hal stabilitas, keamanan, dan efisiensi sumber daya, menjadikannya pilihan utama untuk server yang memerlukan uptime tinggi dan anggaran perangkat lunak minimal. Sebaliknya, Windows lebih diandalkan untuk perangkat pengguna akhir berkat kemudahan penggunaan dan kompatibilitasnya dengan berbagai aplikasi bisnis, meskipun dengan biaya lisensi yang lebih tinggi dan kebutuhan pemeliharaan yang lebih sering. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pemilihan sistem operasi harus disesuaikan dengan kebutuhan spesifik organisasi, terutama dalam hal stabilitas, keamanan, biaya, dan kemampuan teknis pengguna. Strategi kombinasi, dengan menggunakan Linux untuk server dan Windows untuk perangkat pengguna akhir, banyak digunakan oleh organisasi untuk memaksimalkan efisiensi dan efektivitas operasional sistem informasi mereka. Penelitian ini menyarankan pendekatan holistik dalam pemilihan sistem operasi guna mendukung infrastruktur teknologi informasi yang handal dan berkelanjutan.