Keberagaman budaya, agama, dan sosial di Papua, khususnya di SMKS YPKP TIK Sentani, menghadirkan tantangan sekaligus peluang dalam pendidikan. Siswa Kelas X jurusan Akuntansi Keuangan Lembaga I berasal dari latar belakang yang heterogen, sehingga mereka rentan terhadap perilaku intoleran seperti mengejek teman sebaya, mengabaikan pendapat orang lain, atau berbicara saat guru sedang mengajar. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain studi kasus. Data dikumpulkan melalui wawancara dengan guru Pendidikan Agama Islam (PAI), kepala sekolah, siswa, dan orang tua, observasi kelas, dan analisis dokumen sekolah. Proses analisis data dilakukan secara interaktif melalui tahapan reduksi data, penyajian, dan penarikan kesimpulan. Penelitian ini menggunakan teori belajar sosial Bandura, teori sosiokultural Vygotsky, dan teori behavioris untuk memahami pola internalisasi nilai-nilai toleransi. Temuan penelitian ini menunjukkan bahwa: (1) keberagaman siswa kelas X Akuntansi Keuangan Lembaga I di SMKS YPKP TIK Sentani, yang terdiri dari 24 siswa dengan latar belakang agama dan etnis yang berbeda, menciptakan lingkungan belajar yang harmonis dan inklusif. (2) Proses internalisasi nilai-nilai toleransi dalam Pendidikan Agama Islam berlangsung dalam tiga tahap: penanaman nilai, dengan menanamkan konsep-konsep toleransi berdasarkan ajaran Islam, pembiasaan nilai, melalui pengamalan sikap toleran dalam interaksi sehari-hari, dan penguatan nilai, melalui penguatan positif dan evaluasi berkelanjutan. (3) Penelitian ini menunjukkan bahwa internalisasi nilai-nilai toleransi tercermin dalam ranah kognitif berupa pemahaman konseptual, ranah afektif melalui empati dan saling menghormati, serta ranah psikomotorik berupa kerja sama dan gotong royong di lingkungan sekolah.