Laut Halmahera merupakan bagian dari jalur timur Indonesian Throughflow dan adalah wilayah kunci untuk interaksi dan transformasi massa air. Penelitian ini bertujuan untuk memperkirakan pencampuran vertikal dan menganalisis implikasinya terhadap transformasi massa air Pasifik Selatan di Laut Halmahera. Data yang digunakan adalah data observasi arsip dari Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), menggunakan profiler CTD dan pengukuran kecepatan arus vertikal pada Februari 2021. Estimasi percampuran dilakukan menggunakan analisis Thorpe untuk menghitung tingkat dispersi energi kinetik turbulen (ε) dan difusivitas Eddy vertikal (Kρ). Area pencampuran turbulen diidentifikasi pada kedalaman 50–300 m. Massa air S. Pasifik Selatan memiliki nilai salinitas maksimum 35,5 psu pada isopiknal σθ = 25,4, dan salinitas minimum 34,5 pada isopiknal σθ = 26,5. Laut Halmahera di dekat Selat Obi mengalami perubahan salinitas maksimum pada isopiknal σθ = 25,5 dengan nilai 35,4 psu, sedangkan salinitas minimum pada σθ = 26 adalah 34,8 psu. Lapisan ini (σθ = 24–26), memiliki tingkat disipasi energi kinetik turbulen yang relatif tinggi (10-6 W/kg) dan difusivitas eddy vertikal (10-3 m2/s) yang menggambarkan transportasi Air Subtropis Pasifik Selatan (SPSW). Lapisan isopiknal σθ = 26–27 menunjukkan penurunan salinitas minimum, dengan ε pada ordo (10-7 W/kg) dan Kρ pada ordo (10-3 m2/s) di lapisan tengah dan dalam di dekat Selat Obi, menunjukkan pencampuran yang didorong oleh instabilitas geser yang terkait dengan zona disipasi energi gelombang internal.