Pemisahan antara sains dan agama telah melahirkan dikotomi epistemologis yang membatasi pemahaman realitas secara holistik serta menghambat peran transformatif pendidikan. Penelitian ini bertujuan mengkaji integrasi antara ikhtiar dan doa dalam perspektif filsafat sains Islam sebagai kerangka konseptual untuk menjembatani rasionalitas sains modern dan spiritualitas Islam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif-filosofis melalui analisis kepustakaan secara sistematis untuk menelaah bagaimana sinergi ikhtiar dan doa mampu merespons keterbatasan epistemologis sains modern yang cenderung positivistik, sekuler, dan mengklaim netralitas nilai.Hasil kajian menunjukkan bahwa secara epistemologis, integrasi ikhtiar dan doa membentuk model pengetahuan holistik yang memadukan wahyu, akal, pengalaman inderawi, dan intuisi dalam proses pencarian kebenaran. Paradigma ini menegaskan bahwa pengetahuan dalam Islam tidak semata-mata bersumber dari kemampuan rasional-empiris manusia, tetapi juga berakar pada kesadaran transendental dan ketundukan kepada kehendak Ilahi. Secara aksiologis, integrasi tersebut menegaskan bahwa ilmu pengetahuan bersifat sarat nilai dan harus berlandaskan etika transendental yang berorientasi pada kemaslahatan sosial dan keberlanjutan ekologis. Dengan demikian, integrasi ikhtiar dan doa menawarkan paradigma keilmuan yang menghubungkan sains modern dengan spiritualitas Islam serta berkontribusi pada pembentukan insan akademik yang berintegritas intelektual, etis, dan spiritual, sehingga sains tidak hanya berfungsi sebagai instrumen rasional, tetapi juga sebagai bentuk pengabdian yang bermakna.