Kebutuhan Enzim Protease di Indonesia saat ini sangat tinggi, khususnya di bidang industri dan Kesehatan namun Indonesia belum mampu memproduksi enzim tersebut dalam skala besar. Pemanfaatan enzim protease dalam bidang Kesehatan yaitu untuk pengobatan penyakit kardiovaskuler, pengatur kekebalan darah, tumor, radang, dan kelainan darah. Salah satu sumber potensial enzim protease adalah saluran pencernaan ikan karena organ pencernaannya berperan dalam metabolisme dan hidrolisis protein sehingga mengandung enzim proteolitik dalam jumlah tinggi. Ikan Baronang memiliki keunggulan dibandingkan ikan lain sebagai sumber isolat bakteri penghasil protease, ikan baronang mengonsumsi makroalga kaya protein dan serat, sehingga mikrobiota ususnya lebih beragam dan berpotensi menghasilkan enzim hidrolitik lebih tinggi. Penelitian ini bertujuan mendapatkan isolat bakteri penghasil enzim protease pada saluran pencernaan ikan Baronang yaitu pada usus dan lambung ikan Baronang. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah eksploratif yang didukung kajian literatur dan eksperimen. Isolat bakteri yang diperoleh diuji karakteristik pertumbuhan dengan media Mac Conkey (MC) dan Blood Agar Plate (BAP). Identifikasi bakteri secara molekuler dilakukan dengan sequensing menggunakan 16S rRNA. Produksi enzim protease dilakukan pada media Skim Milk Agar yang ditandai dengan pembentukan zona bening. Hasil penelitian menunjukkan terdapat lima isolat bakteri yang berhasil diperoleh, namun hanya empat isolat yang menunjukkan aktivitas protease, yaitu SSI1, SSI2, SSI4, dan SSI5. Berdasarkan analisis 16S rRNA, isolat tersebut teridentifikasi sebagai Pseudenterobacter timonensis, Ralstonia sp., Aeromonas salmonicida, dan Stenotrophomonas maltophilia. Isolat bakteri penghasil protease ini berpotensi diuji lebih lanjut sehingga diperoleh jenis enzim protease fibrinolitik yang diharapkan dapat menjadi kandidat potensial untuk aplikasi di industri kesehatan, khususnya dalam pengembangan bahan antikoagulan. Kata kunci: Aktivitas Proteolitik; Bakteri; Saluran cerna; Siganus sp.; PCR 16S rRNA