Latar belakang: Pewarnaan yaitu pemberian warna pada sel yang akan dipotong hingga membentuk sel pada jaringan, sehingga dapat diamati pada mikroskop. Pewarnaan Hematoxillin-Eosin (HE) memiliki prinsip dimana inti yang bersifat asam akan menarik zat atau larutan Hematoxillin yang bersifat basa dan akan bewarna biru sampai ungu. Sedangkan sitoplasma yang bersifat basa akan menarik zat atau larutan Eosin yang bersifat asam sehingga memberikan warna merah muda. Hematoxillin yang sering digunakan adalah Hematoxillin Mayer dan Hematoxillin Harris. Tujuan: Untuk mengetahui analisa perbandingan hasil pewarnaan HE sediaan histopatologi menggunkan Hematoxillin Mayer dan Hematoxillin Harris di RSD Nganjuk. Metode: Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian eksperimental dengan rancangan acak lengkap, acak kelompok atau faktorial. Populasi yang dilakukan dalam penelitian ini blok parafin jaringan tubuh manusia yang tersimpan di laboratorium Patologi Anatomi RSD Nganjuk. Teknik sampling penelitian yang digunakan adalah Quota Sampling. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini sejumlah 16 responden. Hasil: hasil Hematoxillin Mayer dengan jumlah 16 responden didapatkan keterangan Kurang baik sebanyak 3 sampel dan baik sebanyak 13 sampel sedangakan pada Hematoxillin Harris didapatkan keterangan tidak baik sebanyak 4 sampel, kurang baik sebanyak 8 sampel dan baik sebanyak 4 sampel. Berdasarkan uji statistik Independent Sampel T-Test dapat disimpulkan bahwa tidak terdapat perbedaan hasil yang signifikan antara pewarnaan Hematoxillin Mayer dengan Hematoxillin Harris di RSD Nganjuk dibuktikan dengan nilai sig. = 0.184 atau nilai sig. (2-tailed) > 0,05 maka H0 diterima dan H1 ditolak. Simpulan dan saran: Kesimpulan dari penelitian ini adalah tidak terdapat perbedaan pada hasil pewarnaan sediaan histopatologi dan pewarnaan Hematoxillin mayer lebih baik dibandingkan dengan Hematoxillin harris di RSD Nganjuk.