Penelitian ini dilatarbelakangi oleh meningkatnya ancaman serangan malware yang mengganggu sistem server di lingkungan institusi pendidikan, termasuk Universitas Muhammadiyah Muara Bungo (UMMUBA). Server kampus menjadi pusat layanan akademik, administrasi, serta penyimpanan data penting, sehingga rentan terhadap gangguan keamanan yang disebabkan oleh aktivitas malware. Penanganan serangan ini tidak bisa lagi dilakukan secara manual karena keterbatasan waktu, sumber daya manusia, dan kompleksitas serangan yang terus berkembang. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu sistem deteksi malware yang dapat bekerja secara otomatis, akurat, real-time, dan mudah dioperasikan oleh pengguna non-teknis. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan model stacking machine learning dengan algoritma Naive Bayes (Gaussian, Multinomial, Bernoulli, Complement) sebagai base learners dan Logistic Regression sebagai meta learner. Untuk mengatasi masalah ketidakseimbangan data antara kelas malware dan non-malware, digunakan teknik SMOTE (Synthetic Minority Over-sampling Technique). Selain itu, performa model ditingkatkan dengan optimasi hyperparameter menggunakan GridSearchCV, sehingga diperoleh konfigurasi terbaik. Penelitian dilakukan melalui beberapa tahap, mulai dari pengumpulan dan pelabelan data dari log server UMMUBA, preprocessing data, pelatihan model dasar, pengembangan arsitektur stacking, evaluasi menggunakan metrik akurasi, precision, recall, dan F1-score, hingga implementasi ke dalam antarmuka aplikasi web berbasis Streamlit. Aplikasi ini memungkinkan pengguna untuk mengunggah file log dan mendapatkan hasil klasifikasi serta visualisasi performa model secara langsung. Hasil penelitian diharapkan mampu memberikan solusi nyata untuk deteksi malware pada server institusi pendidikan.