Pembelajaran abad 21 merupakan pembelajaran yang menekankan 4 keterampilan penting yaitu kolaborasi, berpikir kritis, komunikasi, dan kreativitas. Kemampuan berpikir kritis merupakan kemampuan yang harus dimiliki dan dikuasai siswa. Namun kemampuan berpikir kritis pada siswa masih cukup rendah. Salah satu faktor penyebab rendahnya kemampuan berpikir kritis siswa adalah media pembelajaran. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan modul 3D berbasis STEM yang berfokus pada kemampuan berpikir kritis siswa mengenai hukum pewarisan sifat di kelas IX SMP N 5 Ponorogo. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah purposive sampling. Sampel dalam penelitian ini adalah 28 siswa kelas IX SMP Negeri 5 Ponorogo. Metode penelitian yang diterapkan adalah model R&D (Research and Development) ADDIE (Analysis, Design, Development, Implementation & Evaluation). Instrumen penelitian yang digunakan adalah angket validitas dari 3 orang ahli, angket respon siswa, pretest dan posttest untuk evaluasi pasca penerapan modul. Pretest dan posttest kemudian dianalisis menggunakan uji statistik yaitu N-Gain dan Paired Sample T-Test. Hasil penelitian diperoleh: 1) skor validitas akhir dari 3 ahli masing-masing sebesar 3, 22, 3,44, dan 3,33; 2) angket responsif siswa menunjukkan respon positif terhadap modul; 3) Modul berbasis 3D STEM mampu meningkatkan keterampilan berpikir kritis dengan skor rata-rata N-Gain 0,56; 4) Uji t 2-tailed 0,000 < 0,05. Kesimpulan dari kegiatan penelitian ini adalah modul berbasis STEM 3D layak dan valid diimpementasikan serta efektif untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis dengan tingkat sedang.