Pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan tradisional Islam yang memiliki peran penting dalam pembentukan karakter, pendidikan agama, dan keterampilan santri. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antara motivasi intrinsik dan ekstrinsik mahasiswa pesantren dengan kemampuan adaptasi mereka. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan metode clustering berbasis K-Means untuk mengelompokkan data berdasarkan kesamaan atribut. Data diperoleh dari 20 responden yang dikelompokkan menjadi tiga cluster berdasarkan variabel minat, manfaat pesantren, dan kedamaian batin. Hasil analisis menunjukkan bahwa mayoritas responden tergabung dalam cluster yang menunjukkan preferensi tinggi terhadap manfaat emosional dan spiritual pesantren. Motivasi intrinsik ditemukan memiliki pengaruh yang lebih signifikan dibandingkan motivasi ekstrinsik dalam meningkatkan kemampuan adaptasi mahasiswa. Penelitian ini memberikan kontribusi teoretis dan praktis dalam memahami faktor-faktor yang memengaruhi keberhasilan adaptasi mahasiswa di pesantren serta menawarkan strategi untuk meningkatkan mutu pendidikan pesantren melalui program-program yang terfokus pada aspek spiritual, emosional, dan struktur kegiatan.