Bakteri Pantoea ananatis merupakan salah satu patogen penting penyebab penyakit hawar daun bakteri pada tanaman bawang merah. Salah satu alternatif pengendalian bakteri P. ananatis yang ramah lingkungan yaitu memanfaatkan aktinobakteria filosfer indigenos. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat aktinobakteria filosfer indigenos bawang merah yang mampu menekan pertumbuhan bakteri P. ananatis secara in vitro dengan menghasilkan senyawa biokontrol, dan yang mampu meningkatkan pertumbuhan tanaman, serta produksi bawang merah dengan menghasilkan senyawa biofertilizer. Penelitian dilakukan secara eksperimen terdiri atas 20 isolat aktinobakteria filosfer indigenos yang diulang 4 kali, disusun menggunakan Rancangan Acak Lengkap, Percobaan dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Proteksi Tanaman dan kebun percobaan, Fakultas Pertanian, Universitas Andalas, Padang pada Januari-April 2025. Percobaan terdiri atas dua tahap yaitu: 1) pengujian kemampuan aktinobakteria filosfer indigenos dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman dan produksi bawang merah, dan 2) pengujian kemampuan aktinobakteria filosfer indigenos terseleksi sebagai agens biokontrol dan biofertilizer. Variabel yang diamati yaitu hari muncul tunas, tinggi tanaman, jumlah daun, bobot segar, dan bobot kering umbi, serta produksi senyawa biokontrol dan biofertilizer. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebelas isolat aktinobakteria filosfer indigenos mampu meningkatkan pertumbuhan tanaman dan produksi bawang merah. Terdapat sebelas isolat aktinobakteria filosfer indigenos mampu menghambat pertumbuhan bakteri P. ananatis secara in vitro, delapan isolat menghasilkan enzim protease, sepuluh isolat menghasilkan enzim amilase, satu isolat menghasilkan hidrogen sianida, dan delapan isolat menghasilkan siderofor. Aktinobakteria filosfer indigenos sebagai biofertilizer, sebanyak 18 isolat mampu memfiksasi nitrogen dan menghasilkan IAA, dan lima isolat mampu melarutkan fosfat. Isolat yang berpotensi sebagai agens biokontrol dan biofertilizer adalah NLLP2H, NBSP3A, NLLA3F, NBSP2H, dan NBSP3F.