DESAIN PRIMER PCR IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI GEN rbcL PADA GENUS Mangifera

., suparman ( Dosen Biologi FKIP Unkhair)

Jurnal Bioedukasi
Vol 2, No 1 (2013)

Penelitian ini merupakan studi bioinformatika untuk mendapatkan sekuen primer gen rbcL pada genus tanaman Mangifera. Gen rbcL merupakan gen barcode yang digunakan untuk identifikasi dan pembeda antar  jenis  pada  kelompok  tumbuhan  tingkat  tinggi  juga  dapat  digunakan  untuk  rekonstruksi filogenentik tumbuhan. Metode yang digunakan dalam mendapatkan primer optimal ialah dengan cara in silico yakni simulasi dengan computer menggunakan informasi website genebank yang menyediakan berbagai  gen.  Desain  primer  gen  rbcL  dimulai  dengan  mengunduh  sekuen  DNA  dari  gen  rbcL Mangifera indica dari GenBank dan mengkopy dalam bentuk pasta sebagai acuan untuk mencari daerah lestari. Primer dibuat dengan dua arah pembacaan DNA : forward (rbcL-F) dan primer reverse (rbcL- R). Primer didesain dengan menggunakan software primer designer yakni Genamics Expression dan selanjutnya primer dikonfirmasi secara insilico menggunakan perangkat lunak blast primer pada NCBI untuk mengetahui posisi akurat penempelan primer pada gen rbcL secara bioinformatika. Primer gen rbcL yang dihasilkan ialah CTTGGCAGCATTCCGAGTA untuk primer forward dan TCACAAGCAGCAGCCAGTTC untuk primer reverse. Prediksi suhu optimal annealing ialah 61-64 derajat celsius. Produk PCR yang didapatkan sepanjang 1272 bp. Kata kunci : Mangifera, primer rbcL, studi bioinformatika