Jurnal Penelitian Sains
Vol 27, No 2 (2025)

Studi In Silico Molecular Docking Senyawa Turunan Fenolik dan Terpenoid Kunyit Putih (Curcuma zedoaria) terhadap Protein 5MMN (pdb_00005mmn) sebagai Inhibitor DNA Gyrase Subunit B Escherichia coli Penyebab Diare

Prasetyoningrum, Pinasti (Unknown)
Nainggolan, Yolanda Petra (Unknown)
Dewi, Intan Azkya (Unknown)
Hanifa, Milla (Unknown)
Pramudya, Siti Alifia (Unknown)
Nurnahari, Naura (Unknown)
Auli, Winni Nur (Unknown)



Article Info

Publish Date
21 Aug 2025

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi senyawa turunan fenolik dan terpenoid dari kunyit putih (Curcuma zedoaria) sebagai inhibitor protein DNA gyrase subunit B (5MMN) dari bakteri Escherichia coli penyebab diare dengan metode in silico molecular docking. Tujuh senyawa bioaktif, yaitu bisdesmethoxycurcumin, curcumadiol, curcumin, curdione, curzerenone, demethoxycurcumin, dan epicurzerenone, dipilih berdasarkan pemenuhan kriteria Lipinski’s Rule of Five yang menunjukkan potensi sebagai calon obat oral. Preparasi target protein dan ligan dilakukan dengan perangkat lunak AutoDockTools, Avogadro, dan BIOVIA Discovery Studio Visualizer, dan validasi metode docking diperoleh nilai RMSD 1,98 Å menunjukkan validitas metode yang digunakan. Akan tetapi, hasil docking menunjukkan bahwa bisdesmethoxycurcumin memiliki afinitas pengikatan terendah terhadap target protein (-6,80 kkal/mol), diikuti curcumadiol, demethoxycurcumin, dan curcumin. Dominan interaksi antara ligan dan protein melibatkan residu asam amino Asn46, Asp73, Glu50, dan Thr165 melalui ikatan hidrogen dan van der Waals, yang berperan utama dalam menstabilkan kompleks ligan-protein. Penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa fenolik dan terpenoid dari Curcuma zedoaria berpotensi sebagai inhibitor DNA gyrase subunit B E. coli dan bisa dikembangkan kedepannya menjadi kandidat obat antidiare berbasis bahan alam.

Copyrights © 2025






Journal Info

Abbrev

jps

Publisher

Subject

Chemistry Mathematics Physics

Description

Jurnal Penelitian Sains (JPS) MIPA UNSRI merupakan wahana komunikasi ilmiah di bidang sains serta lintas ilmu yang terkait; diterbitkan sejak 1 Oktober 1996 oleh UP2M FMIPA Universitas Sriwijaya. Jurnal ini berisikan tulisan atau karangan ilmiah dalam berbagai bidang tersebut yang diangkat dari ...