Latar belakang: Prevalensi perilaku seksual bebas pada remaja mengalami peningkatan dari waktu ke waktu. Berbagai dampak negatif perilaku seksual seperti infeksi menular, kehamilan tidak diinginkan, HIV/AIDS dan masalah psikologis lainnya. Salah satu meminimalisir upaya pencegahan dan meningkatkan pengetahuan adalah memberikan pendidikan kesehatan menggunakan media video sebagai sarana pemberian informasi. Tujuan: Mengetahui pengaruh pendidikan kesehatan menggunakan media video terhadap pengetahuan perilaku seksual remaja di SMA Muhammadiyah Pleret Bantul Yogyakarta. Metode: Penelitian ini berjenis quasi eksperimental two grup pretest posttest with control grup. Sampel dalam penelitian ini yaitu siswa SMA Muhammadiyah Pleret yang tidak tinggal dipesantren yang berjumlah 80 responden, 40 responden kelompok intervensi dan 40 responden kelompok kontrol. Teknik sampling penelitian ini menggunakan purposive sampling. Instrumen penelitian menggunakan kuesioner pengetahuan perilaku seksual remaja serta analisis data yang digunakan uji wilcoxon dan man-whitney. Hasil: Hasil analisis bivariat uji Wilcoxon menunjukkan peningkatan pengetahuan pada kelompok intervensi p=0,000, sementara kelompok kontrol juga mengalami peningkatan namun tidak sebesar intervensi p=0,039. Uji mann-whitney pada pretest menunjukkan tidak ada perbedaan signifikan antara kedua kelompok p=0,022, sedangkan pada posttest menunjukkan perbedaan yang signifikan p=0,000, yang menunjukan bahwa pendidikan kesehatan menggunakan media video lebih efektif dalam meningkatkan pengetahuan perilaku seksual remaja. Simpulan: Ada pengaruh pendidikan kesehatan menggunakan media video terhadap pengetahuan perilaku seksual remaja di SMA Muhammadiyah Pleret Bantul Yogyakarta.