Padi (Oryza sativa L.) merupakan komoditas pangan utama di Indonesia, namun produktivitasnya sering terganggu oleh penyakit blas (Pyricularia oryzae) dan bercak cokelat (Helminthosporium oryzae). Kedua patogen ini dapat menurunkan hasil panen secara signifikan, terutama pada kondisi lingkungan yang mendukung. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis insidensi dan intensitas penyakit pada sistem pertanian organik dan pengendalian hama terpadu (PHT) di Mojokerto dan Jombang. Pengambilan sampel dilakukan di Desa Claket, Kecamatan Pacet, Kabupaten Mojokerto (950 m dpl) dan Desa Puton, Kecamatan Diwek, Kabupaten Jombang (50 m dpl) pada Juli-September 2024. Identifikasi jamur dilakukan melalui isolasi, uji postulat Koch, serta pengamatan makroskopis dan mikroskopis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa insidensi H. oryzae mencapai 88% di kedua lokasi dengan intensitas 65% (Jombang) dan 63% (Mojokerto). Sementara itu, insidensi P. oryzae sebesar 86% di Jombang dan 82% di Mojokerto dengan intensitas masing-masing 66% dan 67%. Nilai insidensi yang tinggi menunjukkan kategori serangan sangat berat, meskipun intensitas masih tergolong sedang. Analisis uji T menunjukkan adanya hubungan signifikan antara faktor lingkungan (suhu dan kelembapan) dengan perkembangan penyakit (P<0.05) dan korelasi dengan r = 0.6-0.8. Hasil ini menegaskan bahwa kondisi agroekosistem dan varietas padi berperan penting terhadap tingkat serangan patogen, serta sistem budidaya organik maupun PHT mempengaruhi dinamika penyakit.