Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penerapan Kurikulum Merdeka berbasis nilai-nilai pesantren dalam mengembangkan minat dan bakat santri di Pondok Pesantren Puncak Darussalam dan Islamic Boarding School Padepokan Kyai Mudrikah Pamekasan. Kurikulum Merdeka sebagai kebijakan nasional memberikan ruang fleksibilitas yang luas bagi satuan pendidikan untuk berinovasi, namun tantangannya terletak pada bagaimana lembaga pendidikan Islam seperti pesantren mengintegrasikan nilai-nilai khas pesantren seperti tafaqquh fi al-din, kemandirian, dan akhlakul karimah ke dalam kerangka kurikulum nasional tersebut. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi kasus komparatif. Data dikumpulkan melalui wawancara mendalam, observasi partisipatif, dan studi dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (1) kedua pesantren berhasil mengadaptasi Projek Penguatan Profil Pelajar Pancasila (P5) dengan nuansa kepesantrenan melalui program-program unggulan berbasis minat dan bakat; (2) Pondok Pesantren Puncak Darussalam menekankan pengembangan bakat di bidang seni qiraah, kaligrafi, dan kewirausahaan santri; (3) Islamic Boarding School Padepokan Kyai Mudrikah mengintegrasikan teknologi informasi dan kepemimpinan dalam program pengembangan bakat; dan (4) terdapat hambatan struktural dan kultural yang perlu diatasi dalam implementasi kebijakan ini. Penelitian ini menyimpulkan bahwa model “Kurikulum Merdeka Ala Pesantren” merupakan bentuk kearifan lokal institusional yang mampu menjembatani antara standar nasional pendidikan dan identitas khas pesantren.